Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 721,004 | T→A | 11.8% | intergenic (+164/+52) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein YbfK/DNA‑binding transcriptional activator KdpE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 721,004 | 0 | T | A | 11.8% | 488.6 / 44.3 | 178 | intergenic (+164/+52) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein YbfK/DNA‑binding transcriptional activator KdpE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/95); new base A (4/17); total (66/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.18e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.63e-01 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
AGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGGGCGGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGTCCCATATAAA > NC_000913/720856‑721153 | aGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatt > 2:740690/1‑150 (MQ=255) aGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatt < 2:471702/150‑1 (MQ=255) gATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtattt < 2:1299603/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |