| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 790,932 | C→A | 5.5% | W33L (TGG→TTG) ‡ | galT ← | galactose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 790,932 | 0 | C | A | 5.5% | 309.0 / 5.7 | 91 | W33L (TGG→TTG) ‡ | galT | galactose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/38); new base A (2/3); total (50/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
TCAAAGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAG > NC_000913/790783‑791081 | tCAAAGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGcc < 2:217200/150‑1 (MQ=255) cAAAGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCa > 2:1065516/1‑150 (MQ=255) cAAAGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCa < 1:866298/150‑1 (MQ=255) cAAAGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCa > 2:201923/1‑150 (MQ=255) aGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAggg > 1:1264069/1‑150 (MQ=255) gCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAgggg < 2:1739890/150‑1 (MQ=255) cAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGGCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCt < 1:1440281/150‑1 (MQ=255) aaGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCTGGCAGGGGgcgcagg < 1:1542540/150‑4 (MQ=255) tCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAgcg < 2:1865044/150‑1 (MQ=255) cATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCTGGCAGGGGgcgcagga > 1:208290/1‑143 (MQ=255) cATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCTGGCAGGGGgcgcagga < 2:208290/147‑5 (MQ=255) cATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAgcgc < 1:1261153/150‑1 (MQ=255) ttAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCgcgg < 2:1218420/150‑1 (MQ=255) gTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCgcggtgc > 2:1741957/1‑150 (MQ=255) gTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCgcggtgc > 2:608786/1‑150 (MQ=255) gTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCgcggtgc > 2:1370020/1‑150 (MQ=255) gTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCgcggtgc < 1:1724530/150‑1 (MQ=255) gAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCgcggtgcgg > 1:1270778/1‑150 (MQ=255) 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ggTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCa < 1:1501052/150‑1 (MQ=255) ggTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGAGGTGCGGTGACACCAGAATCCa > 1:1601692/1‑150 (MQ=255) gtAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTg < 1:201923/150‑1 (MQ=255) gggTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTg > 1:729351/1‑150 (MQ=255) gggTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTg < 2:1270778/150‑1 (MQ=255) gTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAg > 1:1977599/1‑150 (MQ=255) tttttATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTGGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGc < 2:1720472/150‑1 (MQ=255) tttttATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGc > 1:450547/1‑150 (MQ=255) ttttATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCg > 1:237991/1‑150 (MQ=255) aTCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGtt > 2:526287/1‑150 (MQ=255) 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tCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAgcggc < 1:608786/150‑1 (MQ=255) cccGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGAt > 1:1482191/1‑150 (MQ=255) ccGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGAtg < 1:1679355/150‑1 (MQ=255) gCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGAtgtg < 2:672469/150‑1 (MQ=255) gCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGAtgtg < 2:604488/150‑1 (MQ=255) cacaTTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTgg < 2:643741/150‑1 (MQ=255) cacaTTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTgg < 1:1948790/150‑1 (MQ=255) cacaTTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCAGCGATGTgg > 1:1175728/1‑150 (MQ=255) caTTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGgat > 2:972493/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCa > 2:1603518/1‑150 (MQ=255) 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ttCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCg > 1:409290/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGa < 2:1377989/150‑1 (MQ=255) tGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGAc > 1:565839/1‑150 (MQ=255) gcgcCCCTGGCAGGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGt > 1:598809/1‑112 (MQ=255) gcgcCCCTGGCAGGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGt < 2:598809/112‑1 (MQ=255) gcgcCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACt < 2:237991/150‑1 (MQ=255) gcgcCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACt > 2:1519781/1‑150 (MQ=255) gcCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgc > 2:706252/1‑150 (MQ=255) gcCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgc > 2:1291106/1‑150 (MQ=255) cccccTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgcc > 1:918565/1‑150 (MQ=255) cccccTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGAGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTGATGTTCGTTCCTTAATCGGTATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgcg < 2:729351/150‑2 (MQ=255) cccTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccag > 1:1537692/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccagtgcc < 1:1238087/150‑1 (MQ=255) cAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccagtgccag < 1:1603518/150‑1 (MQ=255) | TCAAAGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCAGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGCCAG > NC_000913/790783‑791081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |