| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 958,683 | T→G | 5.7% | L344R (CTG→CGG) | serC → | phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 958,683 | 0 | T | G | 5.7% | 255.9 / 5.3 | 84 | L344R (CTG→CGG) | serC | phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/45); new base G (2/3); total (36/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
TCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACA > NC_000913/958538‑958831 | tCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGaa < 1:501602/150‑1 (MQ=255) gcgGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAgg < 2:736887/150‑1 (MQ=255) tGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTa > 1:1751684/1‑150 (MQ=255) gAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTaa < 1:1574475/150‑1 (MQ=255) aCGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAg < 1:226341/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCTTCCAGCGGCATGGCGTTataaata < 2:1401421/150‑7 (MQ=255) ccGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTg < 1:474516/150‑1 (MQ=255) gTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGAc < 2:600612/150‑1 (MQ=255) ttCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACa > 2:1738486/1‑150 (MQ=255) cAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGAc > 2:435148/1‑150 (MQ=255) cAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGAc > 1:1523785/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACtt > 1:377356/1‑150 (MQ=255) ggACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGt < 2:377356/150‑1 (MQ=255) aCAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTg < 1:1047913/150‑1 (MQ=255) aCAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTg < 1:1741683/150‑1 (MQ=255) aCAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTg < 1:1701591/150‑1 (MQ=255) gTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGt > 2:652010/1‑150 (MQ=255) gcgcTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTc < 2:1399378/150‑1 (MQ=255) 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1:996502/150‑1 (MQ=255) taACGCCTTCCAGCGGCATGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATc > 2:260892/1‑93 (MQ=38) taACGCCTTCCAGCGGCATGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATc < 1:260892/93‑1 (MQ=38) gCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCt > 2:1930145/1‑150 (MQ=255) ccATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGCCTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTg > 1:1366369/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACg < 1:309980/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACg < 1:652010/150‑1 (MQ=255) 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TCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACA > NC_000913/958538‑958831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |