Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,067,747 | T→A | 7.7% | intergenic (‑39/‑334) | wrbA ← / → ymdF | NAD(P)H:quinone oxidoreductase/conserved protein YmdF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 1,067,747 | 0 | T | A | 7.7% | 265.3 / 8.5 | 88 | intergenic (‑39/‑334) | wrbA/ymdF | NAD(P)H:quinone oxidoreductase/conserved protein YmdF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/36); new base A (2/5); total (47/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
TAACGACAACTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATAAGAG > NC_000913/1067600‑1067894 | tAACGACAACTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTc > 2:485631/1‑150 (MQ=255) aCGACAACTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGc < 2:779481/150‑1 (MQ=255) aCGACAACATCATCGCCATCCACTATGCTAGCACCCTCAGCGACTGCGCGTCCCATCCTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGc > 2:1234708/1‑150 (MQ=255) cGACAACTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCt < 2:1850885/150‑1 (MQ=255) aCAACTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTAc < 2:568487/150‑1 (MQ=255) aCTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCAc < 1:597937/150‑1 (MQ=255) aCTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGAATCGCTAcgga < 1:230896/150‑4 (MQ=255) cTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGACATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCACTACCACt > 1:877419/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACtt > 1:1925819/1‑150 (MQ=255) ttCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGAATCGCTAcggaat < 1:667242/150‑6 (MQ=255) tCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATTGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTAATCCGTAGCGAATCGCTAcggaata < 1:1899824/150‑7 (MQ=255) tCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGAATCGCTAcggaata < 2:1200845/150‑7 (MQ=255) aGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTAtt > 1:1302022/1‑150 (MQ=255) 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tGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAAtt > 1:1198824/1‑150 (MQ=255) tGCGCGTGCCATAGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAATCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAAtt < 1:833891/150‑1 (MQ=255) gcgcGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAAttt > 1:1557513/1‑150 (MQ=255) cgcgTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTc < 2:211731/150‑1 (MQ=255) tGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACaa > 2:1111238/1‑150 (MQ=255) 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taataaAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACaa > 1:1501948/1‑150 (MQ=255) taataaAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACaa < 1:1951554/150‑1 (MQ=255) ataaAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGc < 1:82984/150‑1 (MQ=255) aaGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACg < 2:238466/150‑1 (MQ=255) aaGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACg > 1:1823851/1‑150 (MQ=255) 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ccGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATc < 2:596250/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGAATCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCa < 2:774061/149‑1 (MQ=255) cGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCa < 2:1116798/150‑1 (MQ=255) tAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATa < 1:1836607/150‑1 (MQ=255) gCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATAag > 2:1215484/1‑150 (MQ=255) gATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATAagag > 1:1597833/1‑150 (MQ=255) gATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATAagag > 1:1411434/1‑150 (MQ=255) gATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATAagag < 2:1707484/150‑1 (MQ=255) gATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATAagag > 1:661610/1‑150 (MQ=255) gATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATAagag > 1:110135/1‑150 (MQ=255) | TAACGACAACTTCAGCGCCATCCACTTTGCTTGCACCCTCAGCGACTGCGCGTGCCATCGTTTCAATATGTCCGTACATGGAATAATAAAGCACCAGAACTTTAGCCATTTCTAACCACTCCTCGTGTTATCTCTATTCCGTAGCGATTCGCTACCACTTATTTAAAGATAAGACGTCCTTTTCAGAGTGCAAATTTCACAACCACTTATTTGATTTATAACAACTTTCACAAGCACGTAATTTTGTCGCAAAATGACACATTTTTATCTCATCGCGTTTTTTTAATCATAAGAG > NC_000913/1067600‑1067894 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |