| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,070,880 | T→A | 8.1% | T26S (ACA→TCA) ‡ | rutE ← | putative malonic semialdehyde reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,070,880 | 0 | T | A | 8.1% | 207.9 / 6.6 | 73 | T26S (ACA→TCA) ‡ | rutE | putative malonic semialdehyde reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/37); new base A (4/2); total (33/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
AGATTGCCGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAAC > NC_000913/1070732‑1071028 | aGATTGCCGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGTGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGtc < 2:332380/150‑1 (MQ=255) cGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGcc > 2:1057641/1‑150 (MQ=255) cTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAg < 1:528712/150‑1 (MQ=255) aaGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGGCGGGAGACACCCGTCAGcgatg < 1:323828/150‑5 (MQ=255) aGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtg < 1:711421/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGGGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtgt > 2:1746747/1‑150 (MQ=255) gTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtgt > 1:399783/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAg < 1:492931/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGGCGGGAGACACCCGTCAGcgatga < 2:775569/145‑6 (MQ=255) cGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGGCGGGAGACACCCGTCAGcgatga > 1:775569/1‑140 (MQ=255) gcAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCggg < 2:1691497/150‑1 (MQ=255) cGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtgtg > 1:490430/1‑137 (MQ=255) cGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtgtg < 2:490430/137‑1 (MQ=255) cGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCg < 2:48212/150‑1 (MQ=255) ttCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGt > 2:1278562/1‑150 (MQ=255) tCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTg < 1:1571879/150‑1 (MQ=255) tCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTg < 2:1422543/150‑1 (MQ=255) tCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTg < 1:472716/150‑1 (MQ=255) cTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGa > 2:446699/1‑150 (MQ=255) ccTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAgg < 2:1801487/150‑1 (MQ=255) ccTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCGGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAgg < 1:1538242/150‑1 (MQ=255) cTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAggg < 1:296107/150‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGt < 2:509336/150‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGt < 1:94728/150‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGt > 1:1195160/1‑150 (MQ=255) ttCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGGGGCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGt < 2:532729/150‑1 (MQ=255) tCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTg < 1:22220/150‑1 (MQ=255) cTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGc < 2:138887/150‑1 (MQ=255) tGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCt < 2:1943092/150‑1 (MQ=255) cGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAg < 2:19239/150‑1 (MQ=255) cGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCa > 1:1411998/1‑150 (MQ=255) gggTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCAc > 2:1239243/1‑150 (MQ=255) gcaaCAAGCTCCGTTCCGGCGCACATTTAGCTGATGTCGGCCCACATTTCCTCACGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACTGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGAATCGGTGAACAGGGTGATAAGCGCACCTg < 2:1769705/148‑1 (MQ=255) aaCACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTggg > 1:200989/1‑150 (MQ=255) acacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGc < 1:1278562/150‑1 (MQ=255) acacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGc < 2:399783/150‑1 (MQ=255) acacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGc < 1:1736517/150‑1 (MQ=255) cacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGTTTACTGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTTCGGTCATCGGTTAACAGGGTGCTAAGCGCTCCTGGGCt < 2:1365509/150‑1 (MQ=255) cacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCt > 2:213102/1‑150 (MQ=255) cacGATCCGTGCCGGACAACAGTTAGCTTATGTCGGCCCCCAATTCATCAGGGAATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGCCGGGTGTCTCAACCCACCCGTTTTGAGTGCGGGCATCGGAGAACACGGTTCTAAGCGCACCTGTGCt > 2:1271201/1‑150 (MQ=255) tAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTc > 2:865120/1‑150 (MQ=255) tAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTc > 1:1385528/1‑150 (MQ=255) gCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCt < 1:1809170/150‑1 (MQ=255) cTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCtt > 2:237439/1‑150 (MQ=255) tGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTa > 1:502662/1‑150 (MQ=255) aTGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCACCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGCGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACa > 2:1979731/1‑150 (MQ=255) cGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGggc < 1:1159192/150‑1 (MQ=255) cGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGggc > 2:1587459/1‑150 (MQ=255) cGGCCCCCATTTCATCAGGGCAAAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGggc > 1:1958019/1‑150 (MQ=255) 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gtCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAAc < 2:502662/150‑1 (MQ=255) gtCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAAc < 1:917887/150‑1 (MQ=255) | AGATTGCCGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAAC > NC_000913/1070732‑1071028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |