| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,070,882 | T→A | 8.0% | E25V (GAG→GTG) | rutE ← | putative malonic semialdehyde reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,070,882 | 0 | T | A | 8.0% | 228.6 / 8.3 | 75 | E25V (GAG→GTG) | rutE | putative malonic semialdehyde reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/40); new base A (4/2); total (33/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
CGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAACGTT > NC_000913/1070739‑1071031 | cGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGcc > 2:1057641/1‑150 (MQ=255) cTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAg < 1:528712/150‑1 (MQ=255) aaGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGGCGGGAGACACCCGTCAGcgatg < 1:323828/150‑5 (MQ=255) aGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtg < 1:711421/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGGGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtgt > 2:1746747/1‑150 (MQ=255) gTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtgt > 1:399783/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAg < 1:492931/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGGCGGGAGACACCCGTCAGcgatga < 2:775569/145‑6 (MQ=255) cGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGGCGGGAGACACCCGTCAGcgatga > 1:775569/1‑140 (MQ=255) gcAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCggg < 2:1691497/150‑1 (MQ=255) cGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtgtg < 2:490430/137‑1 (MQ=255) cGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTtgtg > 1:490430/1‑137 (MQ=255) cGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCg < 2:48212/150‑1 (MQ=255) ttCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGt > 2:1278562/1‑150 (MQ=255) tCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTg < 1:1571879/150‑1 (MQ=255) tCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTg < 2:1422543/150‑1 (MQ=255) tCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTg < 1:472716/150‑1 (MQ=255) cTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGa > 2:446699/1‑150 (MQ=255) 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cGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAg < 2:19239/150‑1 (MQ=255) cGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCa > 1:1411998/1‑150 (MQ=255) gggTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCAc > 2:1239243/1‑150 (MQ=255) gcaaCAAGCTCCGTTCCGGCGCACATTTAGCTGATGTCGGCCCACATTTCCTCACGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACTGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGAATCGGTGAACAGGGTGATAAGCGCACCTg < 2:1769705/148‑1 (MQ=255) aaCACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTggg > 1:200989/1‑150 (MQ=255) acacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGc < 2:399783/150‑1 (MQ=255) acacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGc < 1:1278562/150‑1 (MQ=255) acacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGc < 1:1736517/150‑1 (MQ=255) cacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGTTTACTGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTTCGGTCATCGGTTAACAGGGTGCTAAGCGCTCCTGGGCt < 2:1365509/150‑1 (MQ=255) cacGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCt > 2:213102/1‑150 (MQ=255) 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tcCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAACGtt > 1:1933792/1‑150 (MQ=255) | CGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAACGTT > NC_000913/1070739‑1071031 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |