Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,214,511 | G→C | 5.2% | P322R (CCT→CGT) | bluF ← | blue light‑responsive regulator of BluR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,214,511 | 0 | G | C | 5.2% | 321.6 / 6.8 | 97 | P322R (CCT→CGT) | bluF | blue light‑responsive regulator of BluR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/48); new base C (3/2); total (45/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.81e-01 |
ACATCCACTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCAACGATG > NC_000913/1214362‑1214660 | acaTCCACTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAg > 1:136647/1‑150 (MQ=255) acaTCCACTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAg > 1:402761/1‑150 (MQ=255) aTCCACTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGc > 1:58459/1‑150 (MQ=255) tCCACTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCt < 1:741159/150‑1 (MQ=255) ccACTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTg < 2:136647/150‑1 (MQ=255) cACTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTgg > 1:533201/1‑150 (MQ=255) aCTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGa < 2:1476505/150‑1 (MQ=255) ctctTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGAACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGaa > 1:1628406/1‑150 (MQ=255) cttctGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGc > 1:121977/1‑150 (MQ=255) ctGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTTCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCATGCTGGAAGCGTg < 2:1410506/150‑1 (MQ=255) ctGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTg < 1:978084/150‑1 (MQ=255) tGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGa > 2:1317552/1‑150 (MQ=255) tGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGa < 1:1289245/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGAc < 2:1505925/150‑1 (MQ=255) gtgtTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACa < 2:1209800/150‑1 (MQ=255) gtgtTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCACGCTTCCAGCCTGACa < 2:977308/150‑1 (MQ=255) tgtTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAg < 2:1593814/150‑1 (MQ=255) gtTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAgg > 1:1865269/1‑150 (MQ=255) 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gCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGt > 2:614523/1‑150 (MQ=255) ccACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTa > 1:1685357/1‑150 (MQ=255) aCGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAAc < 2:533201/150‑1 (MQ=255) cccATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACaaa > 1:452920/1‑150 (MQ=255) ccATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAAc < 1:1173078/150‑1 (MQ=255) 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tGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTgcg < 1:1216693/150‑1 (MQ=255) tGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTgcg < 1:675070/150‑1 (MQ=255) aaTTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGcc < 2:1872033/150‑1 (MQ=255) aaTTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGcc < 2:1865269/150‑1 (MQ=255) tttCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCaa > 1:30036/1‑150 (MQ=255) tttCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGACTGAATAATTGACTGCCGTGCCACACTTTTATGAACATTGCTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGAAAAACCTGCGACaa > 2:679539/1‑150 (MQ=255) tCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAGCATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCaaaa > 1:543358/1‑150 (MQ=255) cAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAAt < 2:1457170/150‑1 (MQ=255) cAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAAt < 1:1341062/150‑1 (MQ=255) tGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATc < 1:1012969/150‑1 (MQ=255) 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gaTTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTc < 1:1761545/150‑1 (MQ=255) gaTTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTc < 2:1457136/150‑1 (MQ=255) ttttAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAg < 2:30036/150‑1 (MQ=255) tttAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGt > 2:1303426/1‑150 (MQ=255) tAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTaa > 1:1153503/1‑150 (MQ=255) actccTGTCACGCTTCCAGCCTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTaaa > 1:627442/5‑150 (MQ=255) actccTGTCACGCTTCCAGCCTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTaaa > 1:1699582/5‑150 (MQ=255) tccTGTCACGCTTCCAGCCTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAAtt > 2:1627337/3‑150 (MQ=255) cTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCa > 2:1969896/1‑150 (MQ=255) cTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCa > 1:1990932/1‑150 (MQ=255) tGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCaa < 1:805561/150‑1 (MQ=255) tGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCaa > 2:1685110/1‑150 (MQ=255) gTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCAAc < 2:1685357/150‑1 (MQ=255) tCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCAACg < 1:614523/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGCTATGACTTCACTTTCAGTAAATTCAACga > 2:627669/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCAACga > 1:1263213/1‑150 (MQ=255) ggCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCAACgatg > 1:1205050/1‑150 (MQ=255) | ACATCCACTCTTCTGGTGTTGCCACGCCCATAGCACTGACTTGAATTTCAAGTGATGTACAGCATTTTATGATCGCCTGAATAATTGCCTGCCGTGGCCCACTTTTATGAACATTGGTAATCAATTCCTGACTGATTTTAATTCTGTCAGGCTGGAAGCGTGACAGGAGTAACAAACCAGCAAAACCTGCGCCAAAATGATCAATTGCTACACTGATACCAGCAGCCTTTAGCGATTTAATCGCTTCGGCAAACTCATCAAACCGAGATATGACTTCACTTTCAGTAAATTCAACGATG > NC_000913/1214362‑1214660 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |