| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,237,608 | T→C | 7.2% | V13A (GTT→GCT) | dadA → | D‑amino acid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,237,608 | 0 | T | C | 7.2% | 202.2 / 5.2 | 69 | V13A (GTT→GCT) | dadA | D‑amino acid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/23); new base C (2/3); total (43/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
GTGAGCCAGCTCACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTTA > NC_000913/1237459‑1237756 | gtgAGCCAGCTCACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGt < 1:172692/150‑1 (MQ=255) gAGCCAGCTCACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGAGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTg > 1:683245/1‑150 (MQ=255) cACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCt > 2:1198191/1‑150 (MQ=255) 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ttagattaTTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGgcc < 1:963906/150‑1 (MQ=255) gattaTTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGgccgcc > 2:1235103/1‑150 (MQ=255) gattaTTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGgccgcc > 2:1232588/1‑150 (MQ=255) ttattattCTTTTACTTTATCTACCGTAATCGGACTGGCTATGCGATTTGTCATACTCCCAACAGCTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAAACAGGCAGTACATGAGGTCACCCTCATTGATCTGGAGCCGGGGCCCGCCCt > 2:373167/1‑150 (MQ=255) tACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGc > 2:1632962/1‑150 (MQ=255) 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tGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGat > 1:964842/1‑150 (MQ=255) tGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGat > 2:1605015/1‑150 (MQ=255) cGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGatat > 1:1938170/1‑150 (MQ=255) cGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGatat < 2:1966231/150‑1 (MQ=255) cTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTgg > 1:256450/1‑150 (MQ=255) gggAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGggc < 1:1414604/150‑1 (MQ=255) aGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCCCCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCa > 2:1807856/1‑150 (MQ=255) gtggtgtggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCAc < 2:1199773/150‑1 (MQ=255) gtggtgtggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCAc > 2:1527581/1‑150 (MQ=255) gtgtggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAg > 1:66524/1‑150 (MQ=255) gtgtggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAg < 2:926670/150‑1 (MQ=255) tgtggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAgg > 2:955028/1‑150 (MQ=255) tgtggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGACACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAgg > 1:985904/1‑150 (MQ=255) agtaccaGGCGCTGGCAACGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAgg > 1:1364424/7‑150 (MQ=255) agtaccaGGCGCTGGCAACGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTCCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAgg > 1:1040302/7‑150 (MQ=255) tggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGgtg > 1:1640365/1‑150 (MQ=255) ggtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGgtgt > 2:1507259/1‑150 (MQ=255) gtAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGtgtg < 1:1235103/150‑1 (MQ=255) tAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTTTATCTGGCTGGACATGTGGTGACCGTCTTTGATCGGGTGCCGGGGGCCGCCCTGGTAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGc < 2:828120/150‑1 (MQ=255) tAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGc > 2:1001996/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGcc > 2:1787596/1‑150 (MQ=255) gTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTTa > 2:1520046/1‑150 (MQ=255) | GTGAGCCAGCTCACCATAAAAAAGCCGCATGTTGAATAATATTTTCAACTGAGTTATCAAGATGTGATTAGATTATTATTCTTTTACTGTATCTACCGTTATCGGAGTGGCTATGCGAGTTGTCATACTGGGAAGTGGTGTGGTAGGCGTTGCCAGCGCCTGGTACTTAAATCAGGCAGGACATGAGGTCACCGTCATTGATCGGGAGCCGGGGGCCGCCCTGGAAACCAGTGCCGCGAATGCCGGGCAAATCTCCCCCGGATATGCTGCACCGTGGGCGGCACCAGGTGTGCCTTTA > NC_000913/1237459‑1237756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |