| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,327,216 | A→G | 7.0% | D122G (GAT→GGT) | rluB → | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,327,216 | 0 | A | G | 7.0% | 257.1 / 6.9 | 85 | D122G (GAT→GGT) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/41); new base G (2/4); total (40/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTT > NC_000913/1327068‑1327356 | tACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGAt > 2:397780/1‑150 (MQ=255) cAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCTGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATgg < 1:1516633/150‑1 (MQ=255) cAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAACCTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAAAACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATgg > 2:1811327/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |