| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,335,684 | G→A | 6.3% | intergenic (+17/‑147) | ymiC → / → acnA | protein YmiC/aconitate hydratase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,335,684 | 0 | G | A | 6.3% | 347.3 / 8.9 | 112 | intergenic (+17/‑147) | ymiC/acnA | protein YmiC/aconitate hydratase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/53); new base A (2/5); total (53/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TCTCAACACAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCGGGGTTGTCATTTGCTTTGCCACAAGGTTTCTCCTCTTTTATCAATTTGGGTTGTTATCAAATCGTTACGCGATGTTTGTGTTATCTTTAATATTCACCCTGAAGAGAATCAGGGCTTCGCAACCCTGTCATTAAGGAGGAGCTATG > NC_000913/1335535‑1335833 | tctcAACACAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTgcg > 1:827578/1‑150 (MQ=255)tctcAACACAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTgcg < 2:1927287/150‑1 (MQ=255) ctcAACACAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTgcgg > 1:196601/1‑150 (MQ=255) ctcAACACAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTgcgg > 2:1968618/1‑150 (MQ=255) cAACACAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTgcggcg > 2:1314427/1‑150 (MQ=255) aaCACAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTGcggcgg > 2:1456487/1‑150 (MQ=255) acacAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCggg < 1:1462286/150‑1 (MQ=255) cacaAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCgggg < 1:788785/150‑1 (MQ=255) 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ttACTCACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCGGGGTTGTCATTTGCTTTGCCACAAGGTTTCTCCTCTTTTATCAATTTGGGTTGTTATCAAATCGTTACGCGATGTTTGTGTTATCTTTAATATTCACCCTGAAGAGAATCAGGGCTTCg < 2:1973670/150‑1 (MQ=255) ttACTCACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCGGGGTTGTCATTTGCTTTGCCACAAGGTTTCTCCTCTTTTATCAATTTGGGTTGTTATCAAATCGTTACGCGATGTTTGTGTTATCTTTAATATTCACCCTGAAGAGAATCAGGGCTTCg < 1:554934/150‑1 (MQ=255) tACTCACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCGGGGTTGTCATTTGCTTTGCCACAAGGTTTCTCCTCTTTTATCAATTTGGGTTGTTATCAAATCGTTACGCGATGTTTGTGTTATCTTTAATATTCACCCTGAAGAGAATCAGGGCTTCGc < 2:1719535/150‑1 (MQ=255) aCTCACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCGGGGTTGTCATTTGCTTTGCCACAAGGTTTCTCCTCTTTTATCAATTTGGGTTGTTATCAAATCGTTACGCGATGTTTGTGTTATCTTTAATATTCACCCTGAAGAGAATCAGGGCTTCGCa < 1:728619/150‑1 (MQ=255) cACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCGGGGTTGTCATTTGCTTTGCCACAAGGTTTCTCCTCTTTTATCAATTTGGGTTGTTATCAAATCGTTACGCGATGTTTGTGTTATCTTTAATATTCACCCTGAAGAGAATCAGGGCTTCGCAAcc > 2:800738/1‑150 (MQ=255) 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TCTCAACACAAAATAATAACCGTTAAGGGTGTAGCCTATGATCAACACAAATATGAAATATTGGTCCTGGATGGGCGCGTTTTCTCTGTCGATGCTCTTCTGGGCCGAACTCCTCTGGATCATTACTCACTGATCCTTGACCCCGCTGCGGCGGGGTTGTCATTTGCTTTGCCACAAGGTTTCTCCTCTTTTATCAATTTGGGTTGTTATCAAATCGTTACGCGATGTTTGTGTTATCTTTAATATTCACCCTGAAGAGAATCAGGGCTTCGCAACCCTGTCATTAAGGAGGAGCTATG > NC_000913/1335535‑1335833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |