Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,457,528 | G→A | 5.2% | R11Q (CGA→CAA) | paaF → | putative 2,3‑dehydroadipyl‑CoA hydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,457,528 | 0 | G | A | 5.2% | 679.6 / 15.5 | 209 | R11Q (CGA→CAA) | paaF | putative 2,3‑dehydroadipyl‑CoA hydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/101); new base A (4/7); total (101/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CGATGGAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCG > NC_000913/1457379‑1457677 | cGATGGAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACg < 2:1310549/150‑1 (MQ=255) cGATGGAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACg > 2:1436105/1‑150 (MQ=255) ggAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTa < 1:50604/150‑1 (MQ=255) aCCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTAttgt > 1:86641/1‑150 (MQ=255) aaTTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGc < 2:312332/150‑1 (MQ=255) aCAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGTAACGAGTATTGTTGCTGAc < 2:452454/150‑1 (MQ=255) aCAGTCTGGAACCGGAGGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACAATACTCGTTGCTGAc < 1:1190282/150‑1 (MQ=255) aCAGTCTGGAAACGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAAATGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGAc > 2:1917096/1‑150 (MQ=255) 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gATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGCCCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCgg > 2:125011/1‑150 (MQ=255) gATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCgg > 1:1812433/1‑150 (MQ=255) gtcagccgtcagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTATCCGTCCCGCCGCACTTAATGCGCTAAATAATGCGCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAAGTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAAt < 2:1368783/150‑1 (MQ=255) gccgtcagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCAc > 1:955451/1‑150 (MQ=255) gccgtcagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACAGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCAc > 2:1783256/1‑150 (MQ=255) 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gAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAAATGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCg > 2:868901/1‑150 (MQ=255) | CGATGGAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCG > NC_000913/1457379‑1457677 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |