| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,457,530 | G→T | 5.0% | V12L (GTA→TTA) ‡ | paaF → | putative 2,3‑dehydroadipyl‑CoA hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,457,530 | 0 | G | T | 5.0% | 733.1 / 16.7 | 214 | V12L (GTA→TTA) ‡ | paaF | putative 2,3‑dehydroadipyl‑CoA hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/103); new base T (4/7); total (103/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GGAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCGC > NC_000913/1457383‑1457678 | gAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGAAACGAGTAt > 1:452454/1‑150 (MQ=255) aCAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGTAACGAGTATTGTTGCTGAc < 2:452454/150‑1 (MQ=255) aCAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACAATACTCGTTGCTGAc < 1:588608/150‑1 (MQ=255) aCAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACAATACTCGTTGCTGAc < 1:61682/150‑1 (MQ=255) aCAGTCTGGAACCGGAGGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACAATACTCGTTGCTGAc < 1:1190282/150‑1 (MQ=255) cAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGAcc > 2:1195931/1‑150 (MQ=255) cAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGAcc < 2:739439/150‑1 (MQ=255) cAGTCTGGAACCGGATGAACTAGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGAcc > 1:413630/1‑150 (MQ=255) cAGTCTCGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGAcc > 2:1556400/1‑150 (MQ=255) aGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGAccc < 2:862375/150‑1 (MQ=255) gTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGCCTTAGAGGCGAAGGGGATGGCATGCGCGCACTGATCTTAAGCCGTCAGCACGGAGTATTGTTGCtcccacg > 1:1880476/1‑144 (MQ=255) gTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCt > 1:783238/1‑150 (MQ=255) gTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCt < 2:500899/150‑1 (MQ=255) cTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAATGGGATTGCATGAGCGAACTGATCGTCAGGGGTCAGCAAGGTGTATTGTTTCTGACCCTTa < 2:712109/150‑1 (MQ=255) cTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTa > 2:293502/1‑150 (MQ=255) tGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTaa < 1:1323607/150‑1 (MQ=255) ggAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAAc > 1:476683/1‑150 (MQ=255) ggAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACAATACTCGTTGCTGAc > 2:910746/1‑143 (MQ=255) 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gCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGa > 2:1642131/1‑150 (MQ=255) gATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGCCCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCgg > 2:125011/1‑150 (MQ=255) gtcagccgtcagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTATCCGTCCCGCCGCACTTAATGCGCTAAATAATGCGCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAAGTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAAt < 2:1368783/150‑1 (MQ=255) cagccgtcagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGc < 1:952326/150‑1 (MQ=255) gccgtcagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCAc > 1:955451/1‑150 (MQ=255) gccgtcagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACAGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCAc > 2:1783256/1‑150 (MQ=255) gggtcagcAACAATACTCGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACg > 2:129217/3‑150 (MQ=255) gtcagcAACAATACTCGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCt > 1:1004583/1‑150 (MQ=255) cagcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGc < 1:1589302/73‑1 (MQ=255) gcAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGAtt > 2:1513322/1‑130 (MQ=255) aaCGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTg > 2:1109974/1‑150 (MQ=255) aaCGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGGCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTg < 2:158102/150‑1 (MQ=255) aCGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTTCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGc < 1:1522202/150‑1 (MQ=255) cGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGcc > 2:329992/1‑150 (MQ=255) gAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAAATGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCg > 2:868901/1‑150 (MQ=255) aGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCGc > 1:559942/1‑150 (MQ=255) aGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCGc < 2:1636358/150‑1 (MQ=255) | GGAAACCAATTACAGTCTGGAACCGGATGAACTGGCCGCAGGTTATGTGTTGAGTTGCCAGGCACTGCCGCTGACCAGCGATGTGGTGGTTGACTTTGACGCGAAGGGGATGGCATGAGCGAACTGATCGTCAGCCGTCAGCAACGAGTATTGTTGCTGACCCTTAACCGTCCCGCCGCACGTAATGCGCTAAATAATGCCCTGCTGATGCAACTGGTAAATGAACTGGAAGCTGCGGCTACCGATACCAGCATTTCGGTCTGTGTGATTACCGGTAATGCACGCTTTTTTGCCGC > NC_000913/1457383‑1457678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |