| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,601,304 | T→C | 5.0% | intergenic (‑63/‑186) | lsrR ← / → lsrA | DNA‑binding transcriptional repressor LsrR/Autoinducer‑2 ABC transporter ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,601,304 | 0 | T | C | 5.0% | 303.9 / 4.3 | 99 | intergenic (‑63/‑186) | lsrR/lsrA | DNA‑binding transcriptional repressor LsrR/Autoinducer‑2 ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/42); new base C (2/3); total (54/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TCGTGATAGTAAAACCACGCGATCCGCGCGACCTGTTCTTCTTCACACATTCCCTGTTCTGAAATTGCCGAATCGTTGATTGTCATAATTCATTCTTCACTTTGAACATATTTAAATCTTTAATGCAATTGTTCAGTTCTTGCTCATTTATATCTGTGATGGCAACCACAGTTTGACTCTACGAGCATGAACAAACGCAACCGTGAAAATCAAAATAGCATAAATTGTGATCTATTCGTCGGAAATATGTGCAATGTCCACCTAAGGTTATGAACAAATTAAAAGCAGAAATACATTT > NC_000913/1601156‑1601453 | tcgtGATAGTAAAACCACGCGATCCGCGCGACCTGTTCTTCTTCACACATTCCCTGTTCTGAAATTGCCGAATCGTTGATTGTCATAATTCATTCTTCACTTTGAACATATTTAAATCTTTAATGCAATTGTTCAGTTCTTGCTCATTta < 1:413651/150‑1 (MQ=255) gATAGTAAAACCACGCGATCCGCGCGACCTGTTCTTCTTCACACATTCCCTGTTCTGAAATTGCCGAATCGTTGATTGTCATAATTCATTCTTCACTTTGAACATATTTAAATCTTTAATGCAATTGTTCAGTTCTTGCTCATTTATATc < 1:1456629/150‑1 (MQ=255) tAGTAAAACCACGCGATCCGCGCGACCTGTTCTTCTTCACACATTCCCTGTTCTGAAATTGCCGAATCGTTGATTGTCATAATTCATTCTTCACTTTGAACATATTTAAATCTTTAATGCAATTGTTCAGTTCTTGCTCATTTATATCtg > 2:140937/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |