| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,685,073 | C→T | 5.2% | P272L (CCG→CTG) | tus → | DNA replication terminus site‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,685,073 | 0 | C | T | 5.2% | 249.3 / 2.1 | 77 | P272L (CCG→CTG) | tus | DNA replication terminus site‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/35); new base T (2/2); total (40/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
GCCACAGAACGCGAAGTTAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAGTTGTTAAATTACGATGCCGACAATGTGCAGCACCGTTATAAACCTCAGGCGCAGCCGCTTCGTTTGATCATTCCACGGCTGCACCTGTATGTTGCAGATTAACGCCCGGCTTTCATACTGCCGACCATCTGTTCTG > NC_000913/1684924‑1685222 | gccACAGAACGCGAAGTTAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGcc < 1:929418/150‑1 (MQ=255)gccACAGAACGCGAAGTTAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGcc > 2:1808366/1‑150 (MQ=255)gccACAGAACGCGAAGTTAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGcc > 1:1923682/1‑150 (MQ=255)gccACAGAACGCGAAGTTAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGcc < 2:384967/150‑1 (MQ=255) aCGCGAAGTTAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTg < 2:121764/150‑1 (MQ=255) aCGCGAAGTTAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTg > 1:1860555/1‑150 (MQ=255) aaGTTAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAg < 2:1968668/150‑1 (MQ=255) tAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAgttgt > 1:1153677/1‑150 (MQ=255) tAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAgttgt > 1:954134/1‑150 (MQ=255) tAAAAATCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAgttgt > 2:1810967/1‑150 (MQ=255) aaaaaTCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAgttgtt < 2:1254938/150‑1 (MQ=255) aaaTCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCTGGACGTTGGTGAGTTGTTaa > 2:1543894/1‑150 (MQ=255) aaaTCAAACGTCCGGTGAAGGTGCAGCCGATTGCCCGCGTCTGGTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAGTTGTTaa < 2:1967649/150‑1 (MQ=255) 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ggTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAGTTGTTAAATTACGATGCCGACAATGTGCAGCACCGTTATAAACCTCAgg < 2:1153677/150‑1 (MQ=255) ggTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAGTTGTTAAATTACGATGCCGACAATGTGCAGCACCGTTATAAACCTCAgg > 2:1621717/1‑150 (MQ=255) gTACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAGTTGTTAAATTACGATGCCGACAATGTGCAGCACCGTTATAAACCTCAGgc < 1:1621717/150‑1 (MQ=255) tACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAGTTGTTAAATTACGATGCCGACAATGTGCAGCACCGTTATAAACCTCAGgcg > 2:1205452/1‑150 (MQ=255) tACAAAGGAGATCAAAAACAAGTCCAACACGCCTGCCCTACACCACTGATTGCACTGATTAATCGGGATAATGGCGCGGGCGTGCCGGACGTTGGTGAGTTGTTAAATTACGATGCCGACAATGTGCAGCACCGTTATAAACCTCAGgcg > 1:1807701/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |