| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,821,241 | T→A | 5.0% | intergenic (‑27/+58) | chbC ← / ← chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIC component/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,821,241 | 0 | T | A | 5.0% | 385.2 / 5.9 | 118 | intergenic (‑27/+58) | chbC/chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIC component/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/65); new base A (3/3); total (50/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCGAGTCAATTACT > NC_000913/1821097‑1821389 | gggTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGCGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAat < 2:535468/150‑1 (MQ=255)gggTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAat < 2:1914669/150‑1 (MQ=255) aaCGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGc < 2:1217925/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |