| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,982,501 | T→C | 11.0% | intergenic (‑114/+53) | otsB ← / ← araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase/arabinose ABC transporter membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,982,501 | 0 | T | C | 11.0% | 216.2 / 16.1 | 82 | intergenic (‑114/+53) | otsB/araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase/arabinose ABC transporter membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/33); new base C (7/2); total (47/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
GGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAATA > NC_000913/1982362‑1982650 | ggggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTg < 2:922884/150‑1 (MQ=255)ggggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTg < 2:1482070/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGc < 1:688082/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGc < 1:1656323/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGc > 1:1850950/1‑150 (MQ=255) tCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGCCATAACGGTTGGCtgtt < 1:1308113/150‑4 (MQ=255) tAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTggg < 2:1052550/150‑1 (MQ=255) tAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACAAGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTggg > 2:996419/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGa < 2:150881/150‑1 (MQ=255) aaCGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGCCATAACGGTTGGc > 2:1775811/1‑140 (MQ=255) aaCGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGCCATAACGGTTGGc < 1:1775811/140‑1 (MQ=255) gTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaa < 1:1583186/150‑1 (MQ=255) tGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGc < 2:1391069/150‑1 (MQ=255) 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ttttCTTATTGTGTTGCGCAGAACGTGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATc > 2:976737/1‑150 (MQ=255) tttCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCACCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCa < 2:1831953/150‑1 (MQ=255) tgtTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGt > 1:634909/1‑150 (MQ=255) tGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTc < 1:1689934/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTc > 1:1763339/1‑150 (MQ=255) tGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTc > 1:1770473/1‑150 (MQ=255) aGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttt > 2:1277843/1‑150 (MQ=255) gAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCtttt > 2:72743/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTg > 1:1616464/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTg < 2:1872806/150‑1 (MQ=255) 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ataGCCAACCGCCATAACGGTTCGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGcgcg > 2:1713293/3‑150 (MQ=255) aCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTCTTGCAGAAAAAAGCATCACAGAGTGCCTATCGCTTTTAGCTGGTAACGGTCTAAGCTCACCCCAGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGcgcg > 1:1034690/1‑150 (MQ=255) aGCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGaa > 2:231712/1‑150 (MQ=255) aGCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGaa > 1:30931/1‑150 (MQ=255) gCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGaaa > 2:27591/1‑150 (MQ=255) 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ccGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGgaga > 2:1563798/1‑150 (MQ=255) ccGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGgaga < 1:142616/150‑1 (MQ=255) cGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGaa < 1:1277843/150‑1 (MQ=255) gTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGaaa > 2:883040/1‑150 (MQ=255) tATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAata > 1:947851/1‑150 (MQ=255) | GGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAATA > NC_000913/1982362‑1982650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |