Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,304,522 | G→T | 15.2% | intergenic (+129/+586) | eco → / ← mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate:quinone oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,304,522 | 0 | G | T | 15.2% | 80.1 / 3.6 | 38 | intergenic (+129/+586) | eco/mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/15); new base T (4/2); total (21/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGC > NC_000913/2304373‑2304669 | gACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCg < 1:1762472/150‑1 (MQ=255) gACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCAGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCAGGAGCGGGTTAACAGGCCTACACCGCAGTGAAGTGCg > 1:1493331/1‑150 (MQ=17) cAACGCGGTAGCTCGCTAAACTGCCGTGAAGTCCGGCACCCCGTAGGGCAGACCAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGc < 2:832012/150‑1 (MQ=255) ggTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCAAACGCCCCAGCCGGTTGCCTAAATCGAAACTGCCTCGTGTTATCAAACCTACACCTATGTGAAATGAGGCCCACCg > 2:1270139/1‑150 (MQ=14) gTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGt < 2:985772/150‑1 (MQ=255) ccGTGAAGTGCGGAACCCCGCTGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCTACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCgg < 1:1720825/150‑1 (MQ=255) gTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTAGgtcgggggcggcgggg > 1:357257‑M1/1‑134 (MQ=255) aGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCAcgc > 1:1556666/1‑150 (MQ=255) aGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCAcgc < 2:1556599/150‑1 (MQ=255) gTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGTTTGCCTTATTCTACTCTGTCTCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCAcgcc < 2:269411/150‑1 (MQ=14) cgCGGCACCCCGTACGTCAGCCTAGGCCGCCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCAcgccg < 1:779428/149‑1 (MQ=14) ccGTAGGTCCGACAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacc < 2:357257‑M1/150‑32 (MQ=255) gTAGGTCAGACAACGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCTTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATc < 2:1555884/150‑1 (MQ=255) gACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGccc > 2:1166357/1‑150 (MQ=255) cAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGAGATGTGCGGCGCCCCCTAGGTAACTCAAGTCGCGGGCGCCGCAGCCGACCACGAACGCCCGa > 1:464638/1‑150 (MQ=11) aaGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAAAAGGCCTACACACCTGTTAAGTAAGGCACACCGAAGGTCAAACAAGGCGGTCACGCCGAATCAGAAATAAAAAGCCCGAg > 2:288818/1‑150 (MQ=14) aggccgcATCCGACATCAAACGCCCGAGCGGGTTGCCGGATGCGACGCTGGCGAGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGcc < 2:437863/148‑1 (MQ=255) ccGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGACTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTAGGTAAGAAAAGGCGGTAACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAc > 2:1566813/1‑150 (MQ=11) ccGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCATGATGCGACGATGGCGAGTCTTATCAGGACTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTAGGTCAGAAAAAACGGTAACGCCGCATCCGACATCAAACGCCCGAGCCGGTTGCAGGAAGCGAc > 2:682175/1‑150 (MQ=11) gCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTAGCGCATCATATAAGTCCTACAAAGCAGTGAAGTAAGGAAAACCGAAGGTAAGACAAGGAGGTAAAGAAGCATAAGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCGGGCGCGTCt > 2:1238152/1‑150 (MQ=9) gATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGgttggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctg > 1:1899897‑M1/1‑59 (MQ=255) gATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGgttggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctg < 2:1899897‑M1/125‑67 (MQ=255) ttggACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtg < 2:1580255/147‑1 (MQ=255) gTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCACTGTGAAGTGCTCCAcc < 1:1166357/150‑1 (MQ=255) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGt < 2:1194670/150‑1 (MQ=255) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGt > 2:1551794/1‑150 (MQ=255) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCAGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGCAGTGGTCCAACCCGt > 1:939907/1‑150 (MQ=255) aTCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTa > 1:1194670/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACCCTCGCCCGACATATCAGCCCTCCACACCAGTGAACTGCTCCACACCGTacg > 1:395750/1‑148 (MQ=14) gCCTAAACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAGAAGGCTGTCACGCCTCATCCTACATCCAACGCCCGAGGCGGTTGCCTTATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCg < 1:1494111/150‑1 (MQ=14) ccGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCt > 2:380639/1‑110 (MQ=35) ccGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCt < 1:380639/110‑1 (MQ=35) ccGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg > 1:302009/1‑150 (MQ=255) gCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGGATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCg < 2:1556666/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCTACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCACCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAc < 1:1872629/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGGGGTTag > 1:1483337/1‑149 (MQ=255) aGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGACCGAGCCGGATAACTGATGCGACGCTGGAACGTCTAAACAGGCCTAAACAGATGTGAAGTGCTCGACCCCGTAGGTAGGAAAAAGAGGTTAcgc > 2:483830/1‑150 (MQ=14) tGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg > 1:1193179/1‑150 (MQ=255) gCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCCACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgc > 1:1606571/1‑150 (MQ=255) gCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCGGCCGCGGGGTAGCCGGCGGACGCCGCGGTGAAGTGATCCCCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGGTGcgccgg > 1:1938258/1‑149 (MQ=14) | GACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGC > NC_000913/2304373‑2304669 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |