| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,323,291 | T→A | 5.4% | intergenic (+40/‑156) | atoC → / → atoD | DNA‑binding transcriptional activator/ornithine decarboxylase inhibitor AtoC/acetyl‑CoA:acetoacetyl‑CoA transferase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,323,291 | 0 | T | A | 5.4% | 307.2 / 5.1 | 92 | intergenic (+40/‑156) | atoC/atoD | DNA‑binding transcriptional activator/ornithine decarboxylase inhibitor AtoC/acetyl‑CoA:acetoacetyl‑CoA transferase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/52); new base A (2/3); total (37/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
ACAACAAGAAGGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCA > NC_000913/2323146‑2323433 | acaacaAGAAGGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTc < 1:389451/150‑1 (MQ=255) aacaaGGAGGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTg < 2:22355/150‑1 (MQ=255) aacaaGAAGGAAACCGAACGCGCACTGCTTTAATGCTGGGAATCAGTCTCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTg < 2:767006/150‑1 (MQ=255) aacaaGAAGGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACAGCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTg < 2:1603704/150‑1 (MQ=255) aacaaGAAGGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTg < 1:295732/150‑1 (MQ=255) aacaaGAAGGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTg < 2:1562238/150‑1 (MQ=255) caaGAAGGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAAATTGCGCACTGTGCAAATTTCTGCa < 1:1895609/150‑1 (MQ=39) aagaagGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCAt > 2:1085121/1‑150 (MQ=255) agaagGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAAATTGCGCACTGTGCAAATTTCTGCATa > 1:1466382/1‑150 (MQ=39) 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cTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTg < 2:432658/150‑1 (MQ=255) ttGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGa > 1:1311380/1‑150 (MQ=255) cTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTg < 1:1149198/150‑1 (MQ=255) cTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTg < 2:1077444/150‑1 (MQ=255) cTATGAATAAATTTGCACATTTCTAAATTTTCTTCATAGCCTCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTg < 1:861119/150‑1 (MQ=255) aTGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTa < 1:275745/150‑1 (MQ=255) aTGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTa < 1:283093/150‑1 (MQ=255) tGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTAc < 2:1819256/150‑1 (MQ=255) gCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTAcc > 1:792370/1‑150 (MQ=255) gCAGAAAATTGCGCACTGTGCAAATTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTAcc > 2:1890363/1‑150 (MQ=39) aaaTTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCcaca < 1:269562/150‑1 (MQ=255) tttGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCAAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACg < 2:587163/150‑1 (MQ=255) gCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGgtg < 2:1284121/150‑1 (MQ=255) gcactgtgcAAATTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTa < 1:792755/143‑1 (MQ=255) aGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATg < 2:1158611/150‑1 (MQ=255) tGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCa < 1:1409522/150‑1 (MQ=255) | ACAACAAGAAGGAAACCGAACCCGCACTGCTTTAATGCTGGGCATCAGTCGCCGTGCATTGATGTATAAACTCCAGGAATACGGTATCGATCCGGCGGATGTATAACACCAAAACTTGCTATGCAGAAATTTGCACAGTGCGCAATTTTCTGCATAGCCGCTCATTCTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATAATCTCATTCTGGCACTCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCA > NC_000913/2323146‑2323433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |