Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,299,273 | Δ1 bp | 6.2% | intergenic (+28/‑258) | ychE → / → insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,299,273 | 0 | T | . | 6.2% | 423.9 / 19.4 | 128 | intergenic (+28/‑258) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/52); new base . (6/2); total (74/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 |
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACAT > NC_000913/1299125‑1299422 | ggTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATg < 1:478515/150‑1 (MQ=255) ggTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATg < 2:823647/150‑1 (MQ=255) tACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCg > 1:1188814/1‑150 (MQ=255) cGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGCATGGCA‑GCTCCGtt < 1:230916/150‑1 (MQ=255) gCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGttt > 1:1042288/1‑150 (MQ=255) ccAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTa > 1:286159/1‑150 (MQ=255) aGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACt < 1:792326/150‑1 (MQ=255) aCCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATCGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTc < 1:676717/150‑1 (MQ=255) ggCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTc > 1:1137914/1‑150 (MQ=255) gCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCa < 1:596353/150‑1 (MQ=255) tGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTa > 1:598976/1‑150 (MQ=255) gATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTAc > 2:617837/1‑150 (MQ=255) tACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACttt < 2:702876/150‑1 (MQ=255) 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tATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATc > 2:716830/1‑150 (MQ=255) gCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATcaaaa < 1:902613/150‑1 (MQ=255) cTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATcaaaag < 1:734893/150‑1 (MQ=255) tGATGGCATTGGGGATTGATTTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATcaaaagc > 2:1272494/1‑150 (MQ=255) gATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATcaaaagca > 2:918091/1‑150 (MQ=255) gATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATcaaaagca > 2:857695/1‑150 (MQ=255) aTGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATcaaaagcaa > 1:580718/1‑150 (MQ=255) aTGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATcaaaagcaa > 2:757606/1‑150 (MQ=255) gCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATcaaaagcaaaag < 2:276523/150‑1 (MQ=255) ggggATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATa < 1:1382258/150‑1 (MQ=255) 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cAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAAtt < 2:221690/108‑1 (MQ=255) cAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACca < 1:757606/150‑1 (MQ=255) cAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACca > 1:1326578/1‑150 (MQ=255) aaaTGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTcc > 1:257713/1‑129 (MQ=255) aaaTGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcat < 1:365554/150‑1 (MQ=255) aagtaaaCGGAGCATGGCA‑GCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTACCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcata > 2:1329434/5‑149 (MQ=255) aTGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatca > 1:1091109/1‑150 (MQ=255) aTGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatca < 2:827117/150‑1 (MQ=255) aTGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatca > 1:1077985/1‑150 (MQ=255) tGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatcat < 2:133271/150‑1 (MQ=255) gtaaaCGGAGCATGGCA‑GCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatcat > 2:889772/3‑150 (MQ=255) aaaCGGAGCATGGCA‑GCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGt > 2:813444/1‑150 (MQ=255) aaaCGGAGCATGGCA‑GCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGt > 1:281005/1‑150 (MQ=255) aCGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTa < 2:1233215/150‑1 (MQ=255) aCGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTa > 2:1080363/1‑150 (MQ=255) gAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTAttt < 2:577278/150‑1 (MQ=255) 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GGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACAT > NC_000913/1299125‑1299422 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |