| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,348,812:1 | +A | 5.6% | intergenic (+44/+10) | yfaE → / ← inaA | ferredoxin‑like diferric‑tyrosyl radical cofactor maintenance protein YfaE/putative lipopolysaccharide kinase InaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,348,812 | 1 | . | A | 5.6% | 297.5 / 11.6 | 72 | intergenic (+44/+10) | yfaE/inaA | ferredoxin‑like diferric‑tyrosyl radical cofactor maintenance protein YfaE/putative lipopolysaccharide kinase InaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (38/30); new base A (2/2); total (40/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
TGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAGCGGCGACGACTTTTCTCCAGGTCAA > NC_000913/2348663‑2348958 | tGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGc < 1:493595/150‑1 (MQ=255)tGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGc < 2:570018/150‑1 (MQ=255) cAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑Ct > 1:733761/1‑150 (MQ=255) 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ggATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATgg > 1:1185845/1‑150 (MQ=255) ggATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATgg < 2:424956/150‑1 (MQ=255) ggATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATgg < 1:737589/150‑1 (MQ=255) gATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGc > 1:699370/1‑150 (MQ=255) ttGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCgt < 2:733761/150‑1 (MQ=255) gCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCgtag < 2:1116591/150‑1 (MQ=255) ccGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCgtagt > 2:1163525/1‑150 (MQ=255) gAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTaa > 1:282960/1‑150 (MQ=255) aaCCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAAt < 2:1187355/150‑1 (MQ=255) gTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGc > 1:1373615/1‑150 (MQ=255) ccTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCa > 1:281117/1‑150 (MQ=255) tATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTg > 2:46126/1‑150 (MQ=255) aTTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGc < 1:1384599/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTcc < 2:1090004/150‑1 (MQ=255) aGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTccc < 1:779780/150‑1 (MQ=255) 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aaaTTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCtt > 2:978942/1‑150 (MQ=255) aTTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTg < 1:287346/150‑1 (MQ=255) ttttGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTgg > 2:941878/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTgggg > 1:716367/1‑150 (MQ=255) cTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTgg < 2:281117/150‑1 (MQ=255) 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cGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGatat > 1:868583/1‑150 (MQ=255) cGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGatat < 2:1415540/150‑1 (MQ=255) gggCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATAtt > 1:849669/1‑150 (MQ=255) aaGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGTGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCa < 2:703420/150‑1 (MQ=255) aaGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGACAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCa < 1:1400807/150‑1 (MQ=255) cGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTg > 1:434635/1‑150 (MQ=255) tatTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCg > 1:428553/1‑150 (MQ=255) ttGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGa > 2:210624/1‑150 (MQ=255) aaaTCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGt < 1:998459/150‑1 (MQ=255) tCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGTTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCAt < 2:1185845/150‑1 (MQ=255) tCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCAt < 2:282960/150‑1 (MQ=255) tCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCAt < 1:46126/150‑1 (MQ=255) cGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGCTTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATg > 2:878359/1‑150 (MQ=255) gagaTGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCCCCCAGTCTGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGa < 1:433401/150‑1 (MQ=255) agaTGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGAt < 1:394197/150‑1 (MQ=255) 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TGCAGGTCAAGTTGACTGGATTGCCGAACCGTTAGCCTTTATTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTGCCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGTGCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGC‑CTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGGATTGGCTCCAGATATTTTTCCAGCTGGCGGAAGTCATGATTAATCGCTTTATCGCGACGCAAGCGGCGACGACTTTTCTCCAGGTCAA > NC_000913/2348663‑2348958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |