| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3854930 | 116 (1.530) | coding (1009/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATG > NC_000913/3854739‑3855037 | tccgcgtcgccagcggcagccagcacagcacgatcaacaatcccattaaggtcatcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCAgc‑g > 2:767348‑M1/142‑150 (MQ=255) aaTGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAgc‑gg > 1:1237474/1‑150 (MQ=255) tgtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAgc‑ggcg < 1:881295/150‑1 (MQ=255) 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cGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGc < 1:954832/150‑1 (MQ=255) aTCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTc < 2:493414/150‑1 (MQ=255) tCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTcc > 2:955127/1‑150 (MQ=255) tgctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTcccc < 1:1214944/150‑1 (MQ=255) tgctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTcccc < 1:194634/150‑1 (MQ=255) gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCt > 2:467005/1‑150 (MQ=255) gcctgcTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTcc < 2:37608/150‑1 (MQ=255) gcctgcTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTcc < 2:1237474/150‑1 (MQ=255) gctggctgGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑Gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaa > 2:171753‑M1/1‑122 (MQ=255) ctggctggCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCg < 1:358499/150‑1 (MQ=255) 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atcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcggc > 2:6643‑M1/89‑150 (MQ=255) cGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑Gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccag < 1:1139689‑M1/150‑56 (MQ=255) cTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑Gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccagcgg < 2:780533‑M1/150‑59 (MQ=255) tGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTccg < 2:1366757/150‑3 (MQ=255) tGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTg < 1:1033584/150‑1 (MQ=255) 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cTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGttgttg < 2:1072658/150‑1 (MQ=255) cTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGttgttg < 2:1322023/150‑1 (MQ=255) tGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctggtcggcagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcgg < 2:1410242‑M2/150‑97 (MQ=255) gCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTtgatg < 2:1236194/150‑1 (MQ=255) cGACCAGC‑Gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcgggga < 1:1285621‑M1/150‑142 (MQ=255) aCCAGC‑Gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatc < 1:695973‑M1/150‑144 (MQ=255) ccAGC‑Gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagc < 2:380275‑M1/110‑105 (MQ=255) cAGC‑Gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatcca > 2:201337‑M1/1‑5 (MQ=255) cgc‑gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaagggctccatcgcgccgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgtgcatcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatccac < 1:769827‑M1/149‑147 (MQ=255) AGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTa < 2:678629‑M1/150‑1 (MQ=255) AGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTa < 1:1167277‑M1/150‑1 (MQ=255) gc‑gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatccaca > 1:1027353‑M1/1‑3 (MQ=255) GC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTaa < 1:938726‑M1/150‑1 (MQ=255) c‑gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatccacat > 2:1134155‑M1/1‑2 (MQ=255) ggcgCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctggtcggcagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatccacatc < 1:1413652‑M2/150‑108 (MQ=255) gcgccagccgtgcccgccaggaaggggaacggctccatcgcgccgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatccacatc < 2:36339‑M1/150‑150 (MQ=255) GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATg > 1:344817‑M1/1‑150 (MQ=255) | TAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGC‑GGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATG > NC_000913/3854739‑3855037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |