Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,146,762 | G→A | 5.5% | intergenic (‑25/+94) | yghW ← / ← yghX | DUF2623 domain‑containing protein YghW/putative hydrolase fragment |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,146,762 | 0 | G | A | 5.5% | 286.3 / 4.1 | 90 | intergenic (‑25/+94) | yghW/yghX | DUF2623 domain‑containing protein YghW/putative hydrolase fragment |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/44); new base A (2/3); total (43/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.01e-01 |
CGGTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCA > NC_000913/3146613‑3146901 | cGGTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTg > 1:233571/1‑150 (MQ=255) cGGTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTg < 1:723687/150‑1 (MQ=255) gtgtGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTATCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTc < 2:380154/150‑1 (MQ=255) tgtgAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCa < 1:394264/150‑1 (MQ=255) tgtgAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCa < 1:775418/150‑1 (MQ=255) gtgAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCat < 1:1313129/150‑1 (MQ=255) aGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAg > 1:609037/1‑150 (MQ=255) gCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGc > 2:611337/1‑150 (MQ=255) gCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGc < 2:1339994/150‑1 (MQ=255) cTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGa > 1:1011090/1‑150 (MQ=255) tAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATGACAATATATAGCGaa < 1:475361/150‑2 (MQ=255) tACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATGACAATATATAGCGaatga < 1:335517/150‑5 (MQ=255) aCAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATAttt > 2:1255709/1‑150 (MQ=255) aCAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATGACAATATATAGCGaatgag < 2:975720/150‑6 (MQ=255) cAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATAtttt > 2:706847/1‑150 (MQ=255) cAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATAtttt > 1:958758/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTa < 2:521881/150‑1 (MQ=255) aaaCCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAg < 1:1390275/150‑1 (MQ=255) aaaCCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAg < 1:188206/150‑1 (MQ=255) aCCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGc < 1:656373/150‑1 (MQ=255) aCCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGc > 2:1064750/1‑150 (MQ=255) aCCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGc > 1:1306977/1‑150 (MQ=255) ccGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCa < 2:1011090/150‑1 (MQ=255) gcgTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCaaa > 1:975743/1‑150 (MQ=255) ttATAATCGTCAGAGAATTTTGTCAGATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAAc < 2:1314064/150‑1 (MQ=255) taATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCaa < 2:558582/142‑1 (MQ=255) taATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCaa > 1:558582/1‑142 (MQ=255) taATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGAc > 2:449888/1‑150 (MQ=255) aTCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACtt < 1:565885/150‑1 (MQ=255) cacaGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTgcg < 2:808806/150‑1 (MQ=255) cacaGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTgcg < 1:1321723/150‑1 (MQ=255) acaGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTgcgc < 2:430302/150‑1 (MQ=255) acaGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTgcgc > 2:270266/1‑150 (MQ=255) 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cacaTTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTAtttttt > 2:389094/1‑150 (MQ=255) caTTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTATAAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATAGTTCACATCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCa > 2:552437/1‑150 (MQ=255) aaCCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCt > 1:108670/1‑150 (MQ=255) aCCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCtt > 2:973531/1‑150 (MQ=255) cACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGttt < 2:680858/150‑1 (MQ=255) 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aTCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAg < 2:609037/150‑1 (MQ=255) ccttCACCTCATTCGCAATATATTGTCATATATAGCGATATTTAAGGCAAAGAACCACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAgtg < 2:233571/148‑1 (MQ=255) cGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAgtg < 2:958758/150‑1 (MQ=255) ttCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTc > 1:864504/1‑150 (MQ=255) cTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTg > 2:1197188/1‑150 (MQ=255) aTTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCa > 1:1267754/1‑150 (MQ=255) aTTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCa < 2:1267754/150‑1 (MQ=255) ttCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAg > 2:1201044/1‑150 (MQ=255) atCGCTATATATGACAATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAg > 2:559977/2‑150 (MQ=255) gCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCa < 2:491262/150‑1 (MQ=255) gCTATATATGACAATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTGTAAGACGTAATCCCGTAATAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGATCCATTTCAGTGTCCTTTGCAATGCa > 2:475498/1‑150 (MQ=255) tatTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTc < 2:737859/126‑1 (MQ=255) tatTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTc > 1:737859/1‑126 (MQ=255) | CGGTGTGAGTAGCCTAATACAAAACCGCGTTTATAATCGGCACAGAATTTTGTCACATTAACCGCACTGTCGGCATGCGTTGCTTTTAATCCCGCCATTAAGCCTTTACCAAAATGGTTATTCATCGTTCACCTCATTCGCTATATATTGTCATATATAGCGATATTTTAGGCAAAGAACGACTTTTGCGCACGCTATTTTTTCATGCTTGTTTAAGACGTAATCCCGTAAGAGATAAACCTATCAGGAGAGATATTTATCGAACCATTTCAGTGTCCTTTGCCAGGCA > NC_000913/3146613‑3146901 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |