| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,192,129 | 0 | T | A | 6.8% | 750.7 / 30.1 | 234 | intergenic (‑190/‑79) | glgS/yqiJ | surface composition regulator/putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (112/106); new base A (4/12); total (116/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
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TGCTTTTTCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGTTATTATTAACACAGATAAATGTAAGCAAGGAAACTATTACAAAGTAAATATTGCGTCACTAAATGGACATTGGAGTGATATATGATTTTATTCGCCGACTATAACACCCCTTATCTTTTCGCTATTTCCTTTGTACTGTTGATCGGCCTGTT > NC_000913/3191980‑3192278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |