Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 311,355 | T→A | 5.3% | intergenic (‑19/‑757) | ecpR ← / → ykgL | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA/uncharacterized protein YkgL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 311,355 | 0 | T | A | 5.3% | 540.0 / 12.1 | 166 | intergenic (‑19/‑757) | ecpR/ykgL | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA/uncharacterized protein YkgL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/85); new base A (5/4); total (77/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
ACAATCAGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTTCCCGATGAGTGTCAATATGTGAAC > NC_000913/311206‑311504 | acaATCAGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAAt > 1:938872/1‑150 (MQ=255) caATCAGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAAtt > 1:1217009/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAAttttt < 1:1378439/150‑1 (MQ=255) tCAGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAAttttt < 1:629550/150‑1 (MQ=255) cAGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTa > 1:15499/1‑150 (MQ=255) aGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTAc > 1:195222/1‑150 (MQ=255) aGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTAc > 2:105008/1‑150 (MQ=255) aGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTAc < 2:136298/150‑1 (MQ=255) gTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACa > 1:998107/1‑150 (MQ=255) cAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGt > 1:1006567/1‑150 (MQ=255) aGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAAAAATTACAGGtt < 2:85402/150‑2 (MQ=255) aTAGTCCTTTTTAGAAGTATGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCGTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAATCCTGTAATTTTTACAGGTGCa < 2:1370708/150‑1 (MQ=255) gTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTc < 1:26283/150‑1 (MQ=255) 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gTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCgg < 1:853851/150‑1 (MQ=255) ggggAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTa < 1:415655/150‑1 (MQ=255) gagaCCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAAt < 1:1203896/150‑1 (MQ=255) gaCCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATaa < 2:195222/150‑1 (MQ=255) aCCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAg < 1:1096305/150‑1 (MQ=255) 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cATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACgaga < 2:138872/150‑1 (MQ=255) tGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTaa > 2:1184873/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAg > 1:1309994/1‑103 (MQ=255) ggTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAg < 2:1309994/103‑1 (MQ=255) tAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAat > 1:976885/1‑150 (MQ=255) tAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAat > 2:59349/1‑150 (MQ=255) 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ACAATCAGTTCAGATAGTCCTTTATAGAAGTAGGCGTCATGGGGAGACCAGATGTATTTATCAGAACGGTTTTGACATTCCATATGGTTTTTAACCTCATAGTCCCTACTGTAATCACTTTGCCATGTCACTACTTTCCAAACCTGTAATTTTTACAGGTGCATTCAGTTTCCTTAGTAAACCGGAAGTAAATAAGATACGTAGTACATATCAATAAAGGTTAAACGAGATTAAGTTTAATTATTTTCGATTGGGCTTAAATTTATGTTTTTTTTCCCGATGAGTGTCAATATGTGAAC > NC_000913/311206‑311504 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |