| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,288,032 | C→A | 6.6% | intergenic (+22/‑58) | yraH → / → yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,288,032 | 0 | C | A | 6.6% | 304.1 / 7.3 | 90 | intergenic (+22/‑58) | yraH/yraI | putative fimbrial protein YraH/putative fimbrial chaperone YraI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/43); new base A (4/2); total (45/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TCCCGGCGGAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACAGCGA > NC_000913/3287883‑3288179 | tCCCGGCGGAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGAcc < 2:388732/150‑1 (MQ=255)tCCCGGCGGAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGAcc > 1:1178691/1‑150 (MQ=255) ccGGCGGAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTg < 1:486730/150‑1 (MQ=255) ggcggAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTc < 2:24270/150‑1 (MQ=255) cggAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAg < 1:365813/150‑1 (MQ=255) cggAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAg < 1:1039532/150‑1 (MQ=255) gAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGAt > 1:782429/1‑150 (MQ=255) gAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGAt > 2:1248207/1‑150 (MQ=255) aaTCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATa < 2:718167/150‑1 (MQ=255) aTCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATaa > 1:724713/1‑150 (MQ=255) aTCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATaa > 1:331474/1‑150 (MQ=255) tCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAAc < 1:1251865/150‑1 (MQ=255) ccAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACg > 2:1045033/1‑150 (MQ=255) ccAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACg > 2:128667/1‑150 (MQ=255) cAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGc < 1:113066/150‑1 (MQ=255) aTGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGccc < 2:1427427/150‑1 (MQ=255) tGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACAGGTCAGATAACGCCCt < 2:1038720/150‑1 (MQ=255) gTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCttt > 2:1102218/1‑150 (MQ=255) 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ttATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGtttt < 1:594376/150‑1 (MQ=255) tATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTa > 2:83751/1‑150 (MQ=255) aTCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTTTTTTTTATTTTAAGGTTTTTTTGTAGATTATGTATTTTTAAGTCTCTTTCAGTAGGATTCGTTTTaa < 2:1320104/150‑2 (MQ=255) aTCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTAc < 1:1248207/150‑1 (MQ=255) tCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACa > 2:860103/1‑150 (MQ=255) cTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACAg < 1:154349/150‑1 (MQ=255) aCCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACAGCGa < 2:358962/150‑1 (MQ=255) | TCCCGGCGGAATCCAATGGTATTGTCAATGTTGACCTCATCGCTTACTACGTATCAACCGTAGTTCCATCAGAAATCACCCCAGGGGAAGCAGACGCTATCGTTAACGTAACGCTGGATTACCGTTAATACGTTAGGGCGTTATCTGACCTGTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAACGAACATTCGCGGTGATATTAACCTTGTTGTGTAGCTTCTGTATTGGCCAGGCGCTTGCAGGAGGAATCGTTTTACAGCGA > NC_000913/3287883‑3288179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |