Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,420,057 | C→G | 6.3% | pseudogene (1016/1025 nt) | yhdW → | putative ABC transporter periplasmic binding protein YhdW |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,420,057 | 0 | C | G | 6.3% | 201.6 / 2.4 | 61 | pseudogene (1016/1025 nt) | yhdW | putative ABC transporter periplasmic binding protein YhdW |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/26); new base G (2/2); total (33/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
TAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCC > NC_000913/3419913‑3420206 | taataaATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACGGGCGGTGCg > 1:643742/1‑150 (MQ=255) taataaATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCg > 1:243734/1‑150 (MQ=255) taataaATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCg < 1:208477/150‑1 (MQ=255) 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2:654100/1‑150 (MQ=255) aaaTTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTc > 1:1351660/1‑150 (MQ=255) tttttGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGc > 2:40606/1‑150 (MQ=255) ttttGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCg > 1:803107/1‑150 (MQ=255) tttGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGt > 1:1251298/1‑150 (MQ=255) gAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTAt < 1:1356961/150‑1 (MQ=255) 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TAATAAATGGGCCTATAACATCATCAAACAGGTGGGTAACTACTCGGAAATTTTTGAGCGTAACGTAGGTTCAGAAAGCCCGCTGAAAATTAAACGTGGGCAAAATAATCTCTGGAATAACGGCGGTATTCAGTACGCACCGCCCGTGCGTTAAGTCGGTGTGAGGTAACGAGCGTCGCTACGGCGGCGCTCTCTTCAGCGTTATGCTTTCCGAGGTTTCTATGTCTCATCGCCGCTCAACCGTTAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCC > NC_000913/3419913‑3420206 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |