Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,500,345 | G→A | 7.5% | V146I (GTT→ATT) | frlA → | fructoselysine/psicoselysine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,500,345 | 0 | G | A | 7.5% | 161.9 / 2.8 | 53 | V146I (GTT→ATT) | frlA | fructoselysine/psicoselysine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/28); new base A (2/2); total (23/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 |
TTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTGCCGCCCCTACCACCACTGCGATTGGCGCAACGGGCAGCTTTAT > NC_000913/3500198‑3500493 | ttCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGtt < 1:558706/150‑1 (MQ=255) ccGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGttt < 2:486852/150‑1 (MQ=255) aTTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGAc > 2:735910/1‑150 (MQ=255) gTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGAc > 2:388305/1‑147 (MQ=255) gTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGAc < 1:388305/147‑1 (MQ=255) gTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCt < 1:1110222/150‑1 (MQ=255) cGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTaa > 2:1320200/1‑150 (MQ=255) gATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAAt > 1:824911/1‑150 (MQ=255) aTTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAAtt < 1:1232899/150‑1 (MQ=255) aTTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAAtt > 1:291339/1‑150 (MQ=255) cgcTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCg < 2:1425232/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGcc > 2:205460/1‑150 (MQ=255) cGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCaaaa > 1:484516/1‑150 (MQ=255) aTTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAAtt < 2:824011/150‑1 (MQ=255) tGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTAt > 2:350184/1‑150 (MQ=255) tCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATcc < 1:661757/150‑1 (MQ=255) aaTCTTTGCTTTTTAACGCATATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTc < 1:150488/150‑1 (MQ=255) aTCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCa < 2:1334812/150‑1 (MQ=255) aTCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCa < 1:1116430/150‑1 (MQ=255) gCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCATTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCg > 2:897464/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTgg < 1:129326/150‑1 (MQ=255) cTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTg < 1:1037402/150‑1 (MQ=255) tATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTgg > 2:868282/1‑150 (MQ=255) tCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCATTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGa > 1:324933/1‑150 (MQ=255) tCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCATTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGa > 1:330143/1‑150 (MQ=255) cGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCATTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGAtcttct < 2:324933/150‑1 (MQ=255) cGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCATTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGAtcttct < 2:330143/150‑1 (MQ=255) ttGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTgg < 2:291339/150‑1 (MQ=255) gCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGtt < 1:817415/150‑1 (MQ=255) tAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGc > 2:141754/1‑150 (MQ=255) aaTTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCgg > 1:662434/1‑150 (MQ=255) aaTTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCgg < 1:581125/150‑1 (MQ=255) ttttTCGCCGGCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTTCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGgag < 1:253753/150‑1 (MQ=255) tttATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGgag < 2:396226/150‑1 (MQ=255) tATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGaa > 2:1068983/1‑150 (MQ=255) aTCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAAt < 1:1320200/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAAtt > 1:940302/1‑150 (MQ=255) cgccgcCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAAttt > 2:899720/1‑150 (MQ=255) cgccgcCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAAttt > 1:127188/1‑150 (MQ=255) gccgccGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGAtcttc > 2:647921/1‑129 (MQ=255) gccgccGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGAtcttc < 1:647921/129‑1 (MQ=255) gccgccGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAAtttt < 2:435985/150‑1 (MQ=255) ccgccgGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTg < 1:1244730/150‑1 (MQ=255) gccgGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTgcc < 1:899720/150‑1 (MQ=255) ggATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTgccgcc < 2:1342669/150‑1 (MQ=255) aTCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTGCCGCCCCTaccacc > 2:675466/1‑150 (MQ=255) gTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAg < 2:656564/113‑1 (MQ=255) gTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAg > 1:656564/1‑113 (MQ=255) ttGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTGCCGCCCCTACCACCACTGCGATTGgc < 1:1038489/150‑1 (MQ=255) ttcTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCTCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTGCCGCCCCTACCACGACTGCGATTGgcg < 2:1064928/148‑1 (MQ=255) tGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTGCCGCCCCTACCACCACTGCGATTGgcg > 1:1428382/1‑150 (MQ=255) gcTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTGCCGCCCCTACCACCACTGCGATTGGCGCAACGGGCAGCt < 1:735910/150‑1 (MQ=255) cGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTGCCGCCCCTACCACCACTGCGATTGGCGCAACGGGCAGCTTTAt > 2:177417/1‑150 (MQ=255) | TTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATTACCATCGCCAAAATTATCCCGTTCACTATCGTCATTGGCCTTGGGATCTTCTGGTTTAAAGCGGAGAATTTTGCCGCCCCTACCACCACTGCGATTGGCGCAACGGGCAGCTTTAT > NC_000913/3500198‑3500493 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |