| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,720,793 | G→T | 6.0% | Q38H (CAG→CAT) | insJ → | insertion element IS150 protein InsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,720,793 | 0 | G | T | 6.0% | 389.1 / 10.3 | 117 | Q38H (CAG→CAT) | insJ | insertion element IS150 protein InsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/50); new base T (2/5); total (62/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CATTTTGTTGGACGATGAAATGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGGCTGCTGCTCA > NC_000913/3720644‑3720942 | ttttGTTGGACGATGAAATGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGt < 2:971604/150‑1 (MQ=255) ttgttgGACGATGAAATGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCa > 1:566205/1‑150 (MQ=255) gttgGACGATGAAATGGAATATTCTCTAATATGTCAAAGGCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTTAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCACCCGAACCCAGGTCAgg < 2:631919/150‑1 (MQ=255) 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cccTAACCCACGTCACGAAATGGGTAGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTACCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAgg > 2:1187056/1‑150 (MQ=255) cccGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAgg > 1:1182409/1‑150 (MQ=255) cccGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAgg > 2:716495/1‑150 (MQ=255) cccGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCACAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAgg > 2:99205/1‑150 (MQ=255) gcaaCCCATGTCCTGACCTGGGTTGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGgct > 2:320076/3‑150 (MQ=255) 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aGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTTGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGGCTGCTGCTc < 2:738516/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGGCTGCTGCTCa > 1:531358/1‑150 (MQ=255) | CATTTTGTTGGACGATGAAATGGAATAGCCCCTAATATGTCAAAGCCAAAATACCCTTTTGAAAAGCGCCTTGAAGTCGTGAATCACTACTTCACAACTGATGATGGTTACAGGATCATCTCGGCACGTTTTGGTGTCCCCCGAACCCAGGTCAGGACATGGGTTGCCCTCTATG‑AAAAACATGGAGAAAAAGGTTTAATTCCCAAACCTAAAGGCGTTAGTGCTGATCCAGAGTTGCGTATTAAGGTCGTGAAAGCTGTGATCGAGCAGCACATGTCCCTTAATCAGGCTGCTGCTCA > NC_000913/3720644‑3720942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |