Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,757,945 | T→G | 6.3% | intergenic (‑118/+72) | yiaY ← / ← selB | L‑threonine dehydrogenase/selenocysteyl‑tRNA‑specific translation elongation factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,757,945 | 0 | T | G | 6.3% | 576.3 / 26.8 | 193 | intergenic (‑118/+72) | yiaY/selB | L‑threonine dehydrogenase/selenocysteyl‑tRNA‑specific translation elongation factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/95); new base G (4/8); total (89/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.25e-01 |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
CAGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAA > NC_000913/3757797‑3758094 | caGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTa < 2:157421/150‑1 (MQ=255) caGAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTa < 2:204706/150‑1 (MQ=255) gAAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTaa‑a > 2:522160/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |