| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 342,141 | G→A | 8.7% | P339P (CCG→CCA) | yahJ → | putative deaminase with metallo‑dependent hydrolase domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 342,141 | 0 | G | A | 8.7% | 205.1 / 7.6 | 69 | P339P (CCG→CCA) | yahJ | putative deaminase with metallo‑dependent hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/33); new base A (2/4); total (32/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
GGTTGAAACGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTATATTCG > NC_000913/341994‑342290 | ggTTGAAACGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGAt > 2:726893/1‑150 (MQ=255) aaaCGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCa > 2:360847/1‑150 (MQ=255) aCGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCAATCGGCAcc < 1:1003256/150‑2 (MQ=255) 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cGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGGCTGGGCGAc < 2:749075/150‑1 (MQ=255) ggATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTa > 2:152949/1‑117 (MQ=255) ggATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTa < 1:152949/117‑1 (MQ=255) ggATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACa < 1:1133736/150‑1 (MQ=255) ggtgCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGACGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGa > 2:513682/1‑150 (MQ=255) tgCAACAAATTTCTATCTCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATTCCGCTCAAACATTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGaaa < 2:977633/150‑1 (MQ=255) 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acaaATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGc > 1:763340/1‑150 (MQ=255) caaATTTCTATCGCCTCGACGGTTCCGATTGGCACGCTGCATATTCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGcc < 2:1048320/150‑1 (MQ=255) aaTTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCaa > 1:609083/1‑150 (MQ=255) ttCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCt > 1:928864/1‑150 (MQ=255) cTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGt < 1:890681/150‑1 (MQ=255) 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gTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCtat > 2:1305978/1‑150 (MQ=255) tGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCtata > 2:946990/1‑150 (MQ=255) gCCAATCGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTatat > 2:703673/1‑150 (MQ=255) cGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTATATTc > 1:387743/1‑150 (MQ=255) gATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTATATTCg < 2:370895/150‑1 (MQ=255) | GGTTGAAACGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTATATTCG > NC_000913/341994‑342290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |