| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,778,876 | G→A | 6.4% | G493D (GGC→GAC) | lldP → | lactate/glycolate:H(+) symporter LldP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,778,876 | 0 | G | A | 6.4% | 494.1 / 13.1 | 155 | G493D (GGC→GAC) | lldP | lactate/glycolate:H(+) symporter LldP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (79/66); new base A (5/5); total (84/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CTTCTTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGG > NC_000913/3778727‑3779025 | tcttctCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCg > 1:914941/1‑150 (MQ=255) tcttctCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCg < 2:304962/150‑1 (MQ=255) ttctCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTc > 1:571242/1‑150 (MQ=255) tctcGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCa > 1:1109883/1‑150 (MQ=255) ctcGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCAc > 2:209696/1‑150 (MQ=255) acGCCGTTCCTCGGCAGGCTGGGGGTAATCCTGTCCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCGTTTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCAGTTGCTGGTTGCCGCCAATAGCACCGGTGACGCCAcc < 1:1305106/149‑1 (MQ=255) cGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCg > 2:1021503/1‑150 (MQ=255) cGTTCCTCGGCTGTTTGGGGGTATTCCTGAGCGGGTCGGATACCTCATCTAACTCCCTTTTCGCGGCTCTGGAAGCCACCGCAGCACAACAAATTTGCGTCTCTGATCTGTTGATGGTTTCATCGAAAATCACCGGTGGGGTCACCGGTa < 2:621535/150‑1 (MQ=255) 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ggTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCtt > 2:299296/1‑150 (MQ=255) gCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAgg > 1:1142380/1‑150 (MQ=255) | CTTCTTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGG > NC_000913/3778727‑3779025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |