| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 342,144 | T→C | 8.7% | I340I (ATT→ATC) | yahJ → | putative deaminase with metallo‑dependent hydrolase domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 342,144 | 0 | T | C | 8.7% | 195.5 / 8.2 | 69 | I340I (ATT→ATC) | yahJ | putative deaminase with metallo‑dependent hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/34); new base C (2/4); total (31/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
AAACGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTATATTCG > NC_000913/341999‑342290 | aaaCGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCa > 2:360847/1‑150 (MQ=255) aCGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCAATCGGCAcc < 1:1003256/150‑2 (MQ=255) gTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTg < 1:1359236/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGc > 2:319933/1‑87 (MQ=255) cAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCAc < 1:276556/150‑1 (MQ=255) aaCAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGAGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACt > 2:697120/1‑150 (MQ=255) aGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGt < 2:659294/150‑1 (MQ=255) ggTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTc > 2:1420126/1‑150 (MQ=255) cTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGt > 2:993053/1‑150 (MQ=255) cTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGt > 2:507997/1‑150 (MQ=255) gAACCGGATGTTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTggg < 2:426187/150‑1 (MQ=255) gAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTggg > 2:182119/1‑150 (MQ=255) cGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGGCTGGGCGAc < 2:749075/150‑1 (MQ=255) ggATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTa > 2:152949/1‑117 (MQ=255) ggATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTa < 1:152949/117‑1 (MQ=255) ggATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACa < 1:1133736/150‑1 (MQ=255) ggtgCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGACGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGa > 2:513682/1‑150 (MQ=255) tgCAACAAATTTCTATCTCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATTCCGCTCAAACATTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGaaa < 2:977633/150‑1 (MQ=255) gCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGaaaa > 1:1354790/1‑150 (MQ=255) aacaaATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAg > 2:344629/1‑150 (MQ=255) 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aaTTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCaa > 1:609083/1‑150 (MQ=255) ttCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCt > 1:928864/1‑150 (MQ=255) cTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGt < 1:890681/150‑1 (MQ=255) ccTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACgcgc < 2:884718/150‑1 (MQ=255) ccTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACgcgc > 2:958629/1‑150 (MQ=255) tgcagcgTGCCAATCGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAg > 1:125467/7‑150 (MQ=255) agcgTGCCAATCGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGctc < 2:125467/147‑1 (MQ=255) cGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGctct < 2:91986/150‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCtat > 2:1305978/1‑150 (MQ=255) tGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCtata > 2:946990/1‑150 (MQ=255) gCCAATCGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTatat > 2:703673/1‑150 (MQ=255) cGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTATATTc > 1:387743/1‑150 (MQ=255) gATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTATATTCg < 2:370895/150‑1 (MQ=255) | AAACGGTAGAGAAAACGCCACAGCTGAAGGGCAAGCTGACCATCAGTCACGCCTTTGCGCTGGCAACGCTCAACGAGCAACAGGTAGATGAACTGGCGAACCGGATGGTGGTGCAACAAATTTCTATCGCCTCGACGGTGCCGATTGGCACGCTGCATATGCCGCTCAAACAGTTGCACGACAAAGGCGTAAAAGTGATGACTGGCACTGACAGCGTTATCGACCACTGGTCGCCTTATGGTCTGGGCGACATGCTGGAAAAAGCCAATCTGTACGCGCAGCTCTATATTCG > NC_000913/341999‑342290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |