| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,794,973 | G→C | 5.1% | M15I (ATG→ATC) | waaF → | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,794,973 | 0 | G | C | 5.1% | 544.7 / 13.4 | 158 | M15I (ATG→ATC) | waaF | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/68); new base C (5/3); total (86/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CTGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGG > NC_000913/3794824‑3795121 | cTGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTGAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACatgatg < 2:1006409/150‑1 (MQ=255) tGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACatgatga < 1:705811/150‑1 (MQ=255) tGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACatgatga < 2:1170226/150‑1 (MQ=255) 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aaaaCCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATAGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTAt > 2:1117844/1‑150 (MQ=255) aaaCCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGgcgcgc > 1:428570/1‑146 (MQ=255) aaaCCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGgcgcgc < 2:428570/146‑1 (MQ=255) gTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAg > 2:606696/1‑150 (MQ=255) gCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGTGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCG > 2:943023‑M1/1‑150 (MQ=255) 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ggCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCt > 1:410420/1‑150 (MQ=255) ccGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATg > 2:50600/1‑150 (MQ=255) cTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCctc < 1:162422/150‑1 (MQ=255) ctttgCGACATCATCATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGt > 2:558438/5‑150 (MQ=255) cttGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGt > 2:1369911/2‑150 (MQ=255) ttgCGACATCATCATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCa > 1:409167/3‑150 (MQ=255) tgCGACATCATCATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCAc > 1:61674/2‑150 (MQ=255) gCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACg > 1:383424/1‑150 (MQ=255) aCATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAg < 2:592284/150‑1 (MQ=255) cATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAgc < 1:809340/150‑1 (MQ=255) 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CTGACAAATCTGCGCGCGGCGGGTTACGACAAACCGTTCAAAACCGTTGCTGAAGGTGTAACGGAATACATGGCCTGGCTGAATCGCGACGCATAAGAGCTCTGCATGAAAATACTGGTGATCGGCCCGTCTTGGGTTGGCGACATGATGATGTCGCAAAGTCTCTATCGCACGCTCCAGGCGCGCTATCCCCAGGCGATAATCGATGTGATGGCACCGGCATGGTGCCGTCCATTATTATCGCGGATGCCGGAAGTTAACGAAGCTATTCCTATGCCTCTCGGTCACGGAGCGCTGG > NC_000913/3794824‑3795121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |