| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,850,763 | C→T | 5.5% | intergenic (‑37/+39) | uhpA ← / ← ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,850,763 | 0 | C | T | 5.5% | 533.2 / 11.8 | 164 | intergenic (‑37/+39) | uhpA/ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/82); new base T (6/3); total (79/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACG > NC_000913/3850614‑3850912 | tCGCGCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTAc > 1:785681/1‑150 (MQ=255) cgcgCCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTAcc > 1:1207286/1‑150 (MQ=255) gcgcCCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCt < 1:354688/150‑1 (MQ=255) 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atcgcgCTTATCGTTAAGGTAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCt > 2:437922/3‑150 (MQ=255) atcgcgCTTATCGTTAAGGTAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCt > 2:267483/3‑150 (MQ=255) aCGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTg < 1:1167282/150‑1 (MQ=255) gcgcTTATCGTTAAGGTAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCt > 1:994461/1‑150 (MQ=255) gcgcTTATCGTTAAGGTAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCt > 2:1149457/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |