| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,850,767 | 0 | A | T | 5.4% | 544.8 / 13.4 | 167 | intergenic (‑41/+35) | uhpA/ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/80); new base T (6/3); total (84/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGG > NC_000913/3850620‑3850916 | ccGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACg > 2:802897/1‑150 (MQ=255) ccAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAg < 1:108382/150‑1 (MQ=255) aaCTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTATCGTTAAGGTAAgcgc < 1:1330750/150‑1 (MQ=255) 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CCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGG > NC_000913/3850620‑3850916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |