Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,850,769 | C→A | 5.3% | intergenic (‑43/+33) | uhpA ← / ← ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,850,769 | 0 | C | A | 5.3% | 577.4 / 12.1 | 169 | intergenic (‑43/+33) | uhpA/ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/80); new base A (6/3); total (86/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 |
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTC > NC_000913/3850620‑3850918 | cccGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAAc > 2:1384488/1‑150 (MQ=255) aaCCAAACTCGTCAAGTACCTTCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGATGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATa < 1:705105/150‑1 (MQ=255) ccAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAg < 1:108382/150‑1 (MQ=255) ccAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAg < 2:822614/150‑1 (MQ=255) cAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAgc > 2:148168/1‑150 (MQ=255) aaCTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAgcgc > 2:307790/1‑150 (MQ=255) aCTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGcgcg < 2:404368/150‑1 (MQ=255) cTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGa > 1:690867/1‑150 (MQ=255) 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CCCGAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTC > NC_000913/3850620‑3850918 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |