Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,850,771 | A→G | 5.3% | intergenic (‑45/+31) | uhpA ← / ← ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,850,771 | 0 | A | G | 5.3% | 540.1 / 13.0 | 173 | intergenic (‑45/+31) | uhpA/ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (81/82); new base G (6/3); total (88/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
AACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCG > NC_000913/3850624‑3850919 | aaCCAAACTCGTCAAGTACCTTCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGATGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATa < 1:705105/150‑1 (MQ=255) ccAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAg < 1:108382/150‑1 (MQ=255) ccAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAg < 2:822614/150‑1 (MQ=255) cAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAgc > 2:148168/1‑150 (MQ=255) aaCTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAgcgc > 2:307790/1‑150 (MQ=255) tCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGAt < 2:1361231/150‑1 (MQ=255) tCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGAt > 2:295447/1‑150 (MQ=255) cGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTATCGTTAAGGTAAGcgcgtat < 2:787401/150‑4 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |