| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,927,125 | C→A | 5.9% | intergenic (‑122/‑30) | asnC ← / → asnA | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC/asparagine synthetase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,927,125 | 0 | C | A | 5.9% | 750.3 / 21.3 | 222 | intergenic (‑122/‑30) | asnC/asnA | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC/asparagine synthetase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/99); new base A (8/7); total (116/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGTGTG > NC_000913/3926976‑3927274 | cAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCa < 1:65590/150‑1 (MQ=255) atGTCTATCAGATAATTTTCCATAGGATTATCTTATGCGGATTGATGATTCAATCTATTTTAGCCGTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTACGGTTTTTATAGAAAGATTATTGGATGAGGCTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAg > 2:851658/2‑150 (MQ=255) tGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGc > 1:642578/1‑150 (MQ=255) 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tgtCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAg < 2:256801/150‑1 (MQ=255) tgtCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAg < 1:532199/150‑1 (MQ=255) cGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGgcg > 2:1265888/1‑150 (MQ=255) gTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGcc < 1:778416/150‑1 (MQ=255) gTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGcc < 1:651912/150‑1 (MQ=255) 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aTCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCgtg > 1:226868/1‑150 (MQ=255) cATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGtgtg > 2:723171/1‑150 (MQ=255) | CCAGATTGTCGATCAGATAATTTTCCATAGGATTTTCTTATGCGGATTGATGATTCATTCTATTTTAGCCTTCTTTTTTAATGAATCAAAAGTGAGTTAGGCTTTTTATTGAATGATTATTGCATGTGTGTCGGTTTTTGTTGCTTAATCATAAGCAACAGGACGCAGGAGTATAAAAAATGAAAACCGCTTACATTGCCAAACAACGTCAAATTAGCTTCGTGAAATCTCACTTTTCTCGTCAACTGGAAGAACGTCTGGGGCTGATCGAAGTCCAGGCGCCGATTCTTAGCCGTGTG > NC_000913/3926976‑3927274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |