Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,113,474 | T→A | 6.5% | L61* (TTG→TAG) ‡ | uspD → | universal stress protein D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,113,474 | 0 | T | A | 6.5% | 590.8 / 21.5 | 185 | L61* (TTG→TAG) ‡ | uspD | universal stress protein D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (86/87); new base A (7/5); total (93/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.32e-01 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CGGGAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTGGT > NC_000913/4113325‑4113622 | cGGGAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAtt < 2:1005221/150‑1 (MQ=255) cGGGAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAtt > 2:911115/1‑150 (MQ=255) cGGGAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAtt < 2:212230/150‑1 (MQ=255) gggAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAttg < 2:1054325/150‑1 (MQ=255) gAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAttgtt > 2:339427/1‑150 (MQ=255) aaTGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAttgttg > 2:1045347/1‑150 (MQ=255) gaagaaGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTgaag > 1:574344/1‑150 (MQ=255) gaagaaGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTgaag > 1:365850/1‑150 (MQ=255) 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agaTATTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcct > 2:446499/1‑150 (MQ=255) cttatTCTTCAACAATTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGAGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcctc > 1:1042637/3‑150 (MQ=255) ttatTCTTCAACAATTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcctcc > 1:1105537/2‑150 (MQ=255) atatTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcctcc < 2:1288088/150‑1 (MQ=255) tatTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGaa < 2:965777/109‑1 (MQ=255) tatTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGaa > 1:965777/1‑109 (MQ=255) tatTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcctcct > 1:931191/1‑150 (MQ=255) tatTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcctcct > 1:825574/1‑150 (MQ=255) cttcAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTc > 1:1362307/1‑150 (MQ=255) cttcAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTc > 1:345939/1‑150 (MQ=255) cttcAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTc < 1:634893/150‑1 (MQ=255) tcAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCtg < 2:125546/150‑1 (MQ=255) cAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCtgt > 1:864463/1‑150 (MQ=255) aTTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTgg < 1:446499/150‑1 (MQ=255) ttgttgAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTGGt < 2:335643/150‑1 (MQ=255) ttgttgAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTGGt < 2:1160008/150‑1 (MQ=255) | CGGGAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTGGT > NC_000913/4113325‑4113622 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |