| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,113,475 | G→A | 6.5% | L61L (TTG→TTA) ‡ | uspD → | universal stress protein D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,113,475 | 0 | G | A | 6.5% | 580.5 / 18.0 | 185 | L61L (TTG→TTA) ‡ | uspD | universal stress protein D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/86); new base A (7/5); total (93/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GGGAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTGGT > NC_000913/4113326‑4113622 | gggAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAttg < 2:1054325/150‑1 (MQ=255) gAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAttgtt > 1:967135/1‑150 (MQ=255) aaTGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAAttgttg < 1:830604/150‑1 (MQ=255) 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agaagaTGCCTTAATGTTCAATAAAGCCCTGTAGCTGGCCAGACATAATGACTCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATAGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTgaagaa < 1:713531/150‑1 (MQ=255) aagaTGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTGAAGAATa < 2:140652/150‑1 (MQ=255) aagaTGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAACAATTGAAGAATa < 1:1059837/150‑1 (MQ=255) aagaTCCCTTACTGCTGAATAAAGCCCGGGCGCGCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATACATGAGGTCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTGAAGAATa < 2:792704/150‑1 (MQ=255) gaTGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAACAATTGAAGAATatc < 1:659760/150‑3 (MQ=255) 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gaagaTATTCTTCAATTGTTGAAGAAAAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGCAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAc > 2:1036608/1‑150 (MQ=255) gacttatTCTTCAACAATTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcc > 2:189711/5‑150 (MQ=255) agaTATTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcct > 1:1026248/1‑150 (MQ=255) agaTATTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcct > 2:1425127/1‑150 (MQ=255) cttatTCTTCAACAATTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcctc > 2:1197073/3‑150 (MQ=255) cttatTCTTCAACAATTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGAGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcctc > 1:1042637/3‑150 (MQ=255) ttatTCTTCAACAATTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGAcctcc > 1:1105537/2‑150 (MQ=255) tatTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGaa < 2:965777/109‑1 (MQ=255) tcttcAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGt < 2:379867/150‑1 (MQ=255) cttcAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTc > 1:1362307/1‑150 (MQ=255) cttcAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTc > 1:345939/1‑150 (MQ=255) cttcAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTc < 1:634893/150‑1 (MQ=255) aTTGTTGAAGAATAAGTCGGATAAGATTCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACATAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACTCTGCTGGAAATTATTCAAAAAGAGCAGTGGGACCTCCTTGTCTGTgg < 2:339425/150‑1 (MQ=255) aTTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTgg < 1:446499/150‑1 (MQ=255) ttgttgAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTGGt < 2:335643/150‑1 (MQ=255) | GGGAATGAAGAAGATGCCTTACTGGTGAATAAAGCCCTGGAGCTCGCCAGACATAATGACGCTCACCTGACGTTAATTCATATTGATGATGGCTTAAGCGAGTTGTATCCGGGTATCTACTTCCCTGCAACAGAAGATATTCTTCAATTGTTGAAGAATAAGTCGGATAACAAGCTGTATAAACTGACGAAAAATATTCAATGGCCGAAGACAAAACTGCGTATTGAACGCGGAGAAATGCCGGAAACACTGCTGGAAATTATGCAAAAAGAGCAGTGCGACCTCCTTGTCTGTGGT > NC_000913/4113326‑4113622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |