| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,162,150 | 0 | T | G | 10.9% | 475.6 / 47.5 | 174 | intergenic (+20/+20) | yijD/trmA | conserved inner membrane protein YijD/tRNA m(5)U54 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/80); new base G (11/8); total (86/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
GTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACGTTTCCGGGTTA > NC_000913/4162001‑4162299 | gTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCt > 2:1249351/1‑150 (MQ=255)gTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCt > 1:1283747/1‑150 (MQ=255) aCAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTgg < 1:1223630/150‑1 (MQ=255) 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ttCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCAt > 2:360874/1‑150 (MQ=255) atcctGCGGAATATCCGGAAATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGAACTCTCCGTCATTATGGAGTTCTCGATTGGCGAGAAGATGCGTAACAGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCAt > 2:919730/5‑150 (MQ=255) gCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCGCCAGCATCCGGc < 2:1016921/143‑1 (MQ=255) gCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCGCCAGCATCCGGc > 1:1016921/1‑143 (MQ=255) gCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCGCCAGCATCCGGCAtaatac < 1:573558/150‑6 (MQ=255) 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tGGAGCATAAGGCATTGGTTTTACTTCTCCGTCAGTAATACCCCGCACTACATATGGAGCTAGTAGTGGTACTGCTCAAACAGAGCCACACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACGTATCCGGGTTa > 2:1384878/1‑150 (MQ=255) | GTACAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACGTTTCCGGGTTA > NC_000913/4162001‑4162299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |