Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,185,314 | G→A | 5.6% | intergenic (+41/‑36) | rpoB → / → rpoC | RNA polymerase subunit beta/RNA polymerase subunit beta' |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,185,314 | 0 | G | A | 5.6% | 561.5 / 14.7 | 178 | intergenic (+41/‑36) | rpoB/rpoC | RNA polymerase subunit beta/RNA polymerase subunit beta' |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/84); new base A (2/8); total (86/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
CATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTAAAACCCGGCAGCGGATTGTGCTAACTCCGACGGGAGCAAATCCGTGAAAGATTTATTAAAGTTTCTGAAAGCGCAGACTAAAACCGAAGAGTTTGATGCGATCAAAATTGCTCTGGCTTCGCCAGACATGATCCGTTCATGGTCTTTCGGTGAAGTT > NC_000913/4185165‑4185463 | cATCGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGTCGGGTTAAAACCCgg > 2:1379385/1‑150 (MQ=255) cGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGCCGGGTTTTAACCCGACAg < 2:431335/150‑1 (MQ=255) cGTGGACGGCAACCATCAGATGGAGCCGGGCATGCCAGAATCCTTCAACGTATTGTTGAAAGAGATTCGTTCGCTGGGTATCAACATCGAACTGGAAGACGAGTAATTCTCGCTCAAACAGGTCACTGCTGCCGGGTTTTAACCCGACAg > 1:1191564/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |