| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,280,224 | G→T | 7.7% | G82V (GGT→GTT) | yjcE → | putative transporter YjcE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,224 | 0 | G | T | 7.7% | 459.6 / 16.1 | 138 | G82V (GGT→GTT) | yjcE | putative transporter YjcE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/62); new base T (4/7); total (69/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCT > NC_000913/4280078‑4280373 | gCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGTCTGGTAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCg < 2:1131417/150‑1 (MQ=255)gCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCg < 1:151512/150‑1 (MQ=255) aaTCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCgaga < 1:261156/150‑1 (MQ=255) aTCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCgagag > 2:1108106/1‑150 (MQ=255) aTCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCgagag < 1:204536/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCGGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCTACCCGTGAATTTCTCGACCATGTTCGAGAAAtt < 2:1303411/150‑1 (MQ=255) ccATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGACCATGTTCGAGAAAttc < 1:1126729/150‑2 (MQ=255) cATAGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTACTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGAtttt > 2:703360/1‑150 (MQ=255) aTCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGACCATGTTCGAGAAAttcac < 1:1150584/150‑4 (MQ=255) tCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGACCATGTTCGAGAAAttcacg < 1:1338877/150‑5 (MQ=255) ggTGCGATACTGGCGTGGCCTACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATCTCTCGACCATGTTCGAGAAAttcacggg < 2:1153698/150‑7 (MQ=255) gTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTCAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGcc > 1:557812/1‑150 (MQ=255) cgcTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcg > 2:1156787/1‑150 (MQ=255) cgcTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcg < 1:1261253/150‑1 (MQ=255) gcTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcgc < 1:70244/150‑1 (MQ=255) cTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTcgcg > 1:1021922/1‑150 (MQ=255) aCTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgct > 2:52804/1‑150 (MQ=255) ggCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTGGAGTTTGATCCTGAACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCgcgctggc < 1:916109/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |