| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,281,679 | T→G | 5.4% | intergenic (+50/+104) | yjcE → / ← yjcF | putative transporter YjcE/pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,281,679 | 0 | T | G | 5.4% | 876.7 / 31.0 | 261 | intergenic (+50/+104) | yjcE/yjcF | putative transporter YjcE/pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (126/121); new base G (9/5); total (135/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
CCACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAC > NC_000913/4281530‑4281827 | ccaccTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAATTTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCt > 1:771626/1‑150 (MQ=255) caccTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCtt > 1:939853/1‑150 (MQ=255) tGCGCGCCACACGGGAGATCATCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGc < 2:775932/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGc < 1:887374/150‑1 (MQ=255) ccACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCttt > 1:53522/1‑150 (MQ=255) ccACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCttt < 1:877773/150‑1 (MQ=255) ccACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCatt > 1:58671/1‑150 (MQ=255) cacGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAAc < 2:764419/150‑1 (MQ=255) acGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACa < 2:1115834/150‑1 (MQ=255) ggAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGt > 2:8650/1‑150 (MQ=255) gagaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGtt < 1:806876/150‑1 (MQ=255) agaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTa < 1:947630/150‑1 (MQ=255) gaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAg < 2:939853/150‑1 (MQ=255) gaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAg < 1:486510/150‑1 (MQ=255) cAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTc > 1:112641/1‑150 (MQ=255) cAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTc < 2:213652/150‑1 (MQ=255) cAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTc > 2:53261/1‑150 (MQ=255) gCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCgg > 1:674878/1‑150 (MQ=255) 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cACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACaaa < 1:56635/150‑1 (MQ=255) gATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACaaataa > 1:1216446/1‑150 (MQ=255) aTCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACaaataaa > 1:710493/1‑150 (MQ=255) aTCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACaaataaa > 1:802911/1‑150 (MQ=255) ctcGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAAtt > 2:1362595/1‑150 (MQ=255) 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atgttagCCCGAGCTAACCTGTTAAAGGTGCAAAAGATTGCACCTTTTTCAGATTACCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCAt > 2:558245/7‑150 (MQ=18) ttagCCCGAGCTAACCTGTTAAAGGTGCAAAAGATTGCACCTTTTTCAGATTACCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCtt > 1:1364736/4‑150 (MQ=21) tagCCCGAGCTAACCTGTTAAAGGTGCAAAAGATTGCACCTTTTTCAGATTACCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTg > 1:850342/3‑150 (MQ=21) gCCCGAGCTAACCTGTTAAAGGTGCAAAAGATTGCACCTTTTTCAGATTACCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCa > 1:463018/1‑150 (MQ=21) cccGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCat > 2:1432583/1‑150 (MQ=255) 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cTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCata > 2:779216/1‑140 (MQ=255) tGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGt < 2:112641/150‑1 (MQ=255) tGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGt < 2:1204163/150‑1 (MQ=255) gAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTa > 1:32847/1‑150 (MQ=255) aaaaGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAAt > 1:1329220/1‑150 (MQ=255) aaaGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATc < 2:154236/150‑1 (MQ=255) aaGGTGCAAAAGATTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCt > 2:442962/1‑150 (MQ=255) tGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCAt > 2:411154/1‑150 (MQ=255) gCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATa > 2:954064/1‑150 (MQ=255) gCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATa > 2:1015604/1‑150 (MQ=255) gCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATa > 1:142927/1‑150 (MQ=255) aaTCTTTTGCNCCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAgg > 1:1053086/1‑149 (MQ=255) | CCACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAC > NC_000913/4281530‑4281827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |