Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 4,281,680 | T→A | 5.3% | intergenic (+51/+103) | yjcE → / ← yjcF | putative transporter YjcE/pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,281,680 | 0 | T | A | 5.3% | 867.3 / 22.3 | 261 | intergenic (+51/+103) | yjcE/yjcF | putative transporter YjcE/pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (126/120); new base A (9/5); total (135/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAC > NC_000913/4281531‑4281827 | tGCGCGCCACACGGGAGATCATCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGc < 2:775932/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGc < 1:887374/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCa > 2:1318152/1‑150 (MQ=255) 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cGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAAt > 2:566775/1‑150 (MQ=255) cGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAAt < 1:618693/150‑1 (MQ=255) gACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTTAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATc < 1:423628/150‑1 (MQ=255) aatgttagCCCGAGCTAACCTGTTAAAGGTGCAAAAGATTGCACCTTTTTCAGATTACCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCa > 2:430877/8‑150 (MQ=18) atgttagCCCGAGCTAACCTGTTAAAGGTGCAAAAGATTGCACCTTTTTCAGATTACCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCAt > 2:558245/7‑150 (MQ=18) 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ggTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAatat > 2:280560/1‑150 (MQ=255) aTCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGc < 1:1157427/150‑1 (MQ=255) cTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCata > 2:779216/1‑140 (MQ=255) tGAAAAAGTTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGTTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGt < 2:620702/150‑1 (MQ=255) gAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTa > 1:32847/1‑150 (MQ=255) aaaaGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAAt > 1:1329220/1‑150 (MQ=255) aaGGTGCAAAAGATTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCt > 2:442962/1‑150 (MQ=255) tGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCAt > 2:411154/1‑150 (MQ=255) gCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATa > 2:954064/1‑150 (MQ=255) gCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATa > 1:142927/1‑150 (MQ=255) aaTCTTTTGCNCCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAgg > 1:1053086/1‑149 (MQ=255) cTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAc < 1:81395/150‑1 (MQ=255) | CACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCGAC > NC_000913/4281531‑4281827 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |