| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,325,281 | G→C | 6.4% | intergenic (‑116/+17) | phnC ← / ← yjdN | phosphonate ABC transporter ATP binding subunit/conserved protein YjdN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,325,281 | 0 | G | C | 6.4% | 427.7 / 15.1 | 125 | intergenic (‑116/+17) | phnC/yjdN | phosphonate ABC transporter ATP binding subunit/conserved protein YjdN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/47); new base C (4/4); total (74/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAAGATT > NC_000913/4325132‑4325429 | tGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGagggaggg > 1:787468/1‑150 (MQ=255)tGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAggg < 1:286/150‑1 (MQ=255) cGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAgggcgg > 1:1052970/1‑150 (MQ=255) 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tGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCg > 1:735165/1‑150 (MQ=255) accgTGCGGGAGGGCCGGCCTCCCGGCGGGTAATTGCGTTGGTGGTGGTTTGACGACATAAATCATCCACGGTACGCCAAATTAAGCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGtt < 2:752148/147‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGttg > 1:414325/1‑149 (MQ=255) gTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGcc > 1:12106/1‑125 (MQ=255) gTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGATGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGc > 2:326612/1‑150 (MQ=255) cgccGGGAGGCCCGCCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGc > 1:325392/4‑150 (MQ=255) gggAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCa < 2:1176858/150‑1 (MQ=255) ggAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCaa > 1:583670/1‑150 (MQ=255) ggAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCaa > 2:1175819/1‑150 (MQ=255) gggcgggcCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAAGAt < 2:382652/150‑1 (MQ=255) ggcgggcCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAAGAtt < 1:1328827/150‑1 (MQ=255) | TGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAAGATT > NC_000913/4325132‑4325429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |