| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,325,285 | G→C | 6.4% | intergenic (‑120/+13) | phnC ← / ← yjdN | phosphonate ABC transporter ATP binding subunit/conserved protein YjdN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,325,285 | 0 | G | C | 6.4% | 426.8 / 15.2 | 125 | intergenic (‑120/+13) | phnC/yjdN | phosphonate ABC transporter ATP binding subunit/conserved protein YjdN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/47); new base C (4/4); total (74/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAAGATTGTCAA > NC_000913/4325136‑4325434 | gAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAgggcggg < 1:1151384/150‑1 (MQ=255)gAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAgggcggg < 1:1362601/150‑1 (MQ=255) gCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGcc < 2:1062865/150‑1 (MQ=255) 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gATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTc > 2:1024858/1‑150 (MQ=255) gATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTc < 1:694954/150‑1 (MQ=255) tGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCg < 2:1429748/150‑1 (MQ=255) tGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCg > 2:600384/1‑150 (MQ=255) tGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCg > 1:735165/1‑150 (MQ=255) accgTGCGGGAGGGCCGGCCTCCCGGCGGGTAATTGCGTTGGTGGTGGTTTGACGACATAAATCATCCACGGTACGCCAAATTAAGCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGtt < 2:752148/147‑1 (MQ=255) cAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGttg > 1:414325/1‑149 (MQ=255) ccgccGGGAGGCCCGCCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAg > 1:1157143/5‑150 (MQ=255) gTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGcc < 2:12106/125‑1 (MQ=255) gTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGATGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGc > 2:326612/1‑150 (MQ=255) cgccGGGAGGCCCGCCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGc < 2:1157143/147‑1 (MQ=255) cgccGGGAGGCCCGCCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGc > 1:325392/4‑150 (MQ=255) cGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGc > 2:737453/1‑150 (MQ=255) ggAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCaa > 2:1175819/1‑150 (MQ=255) ggAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCaa > 1:583670/1‑150 (MQ=255) gggcgggcCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAAGAt < 2:382652/150‑1 (MQ=255) gcCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAAGATTGTCaa < 2:499500/150‑1 (MQ=255) | GAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAAGATTGTCAA > NC_000913/4325136‑4325434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |