Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,543,266 | T→C | 5.6% | V51A (GTT→GCT) | fimA → | type 1 fimbriae major subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,543,266 | 0 | T | C | 5.6% | 220.1 / 2.9 | 71 | V51A (GTT→GCT) | fimA | type 1 fimbriae major subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/40); new base C (2/2); total (29/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
AAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCG > NC_000913/4543118‑4543414 | aaaaTTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGtt < 1:1414357/150‑1 (MQ=255) aaTTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGa > 1:619542/1‑150 (MQ=255) ttAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATc < 1:1051956/150‑1 (MQ=255) ttAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATc < 2:1050081/150‑1 (MQ=255) ttAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATc < 1:1288799/150‑1 (MQ=255) ttAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATc < 1:367142/150‑1 (MQ=255) aaCTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAAc > 2:702669/1‑150 (MQ=255) tGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTc < 2:612618/150‑1 (MQ=255) aTCGTTGTTCTGTCGTCTCTGTCCCTCAGGTCTACAGCGTCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTTGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTa < 1:490995/150‑1 (MQ=255) aTCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGGGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTa < 2:358564/150‑1 (MQ=255) cGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAgg > 1:376213/1‑150 (MQ=255) cGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAgg < 1:246007/150‑1 (MQ=255) ttgttCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGAc < 2:1080217/150‑1 (MQ=255) ttgttCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGAc < 1:603247/150‑1 (MQ=255) tgttCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACa > 2:1116812/1‑150 (MQ=255) gttCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAg < 2:715114/150‑1 (MQ=255) tCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGt > 2:1195786/1‑150 (MQ=255) ggCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTAc < 1:843646/150‑1 (MQ=255) 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ttCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGcaca < 1:178792/150‑1 (MQ=255) ttCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGcaca < 1:629795/150‑1 (MQ=255) aGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACaggaagg < 2:466493/150‑1 (MQ=255) gCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACaggaagga < 1:456886/150‑1 (MQ=255) cGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAg < 2:1072184/150‑1 (MQ=255) ccACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTctgctg > 2:67727/1‑150 (MQ=255) cACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGt > 1:196825/1‑150 (MQ=255) gacgGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCgg < 1:1116812/150‑1 (MQ=255) cgGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGAACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGtt > 2:597898/1‑150 (MQ=255) ttAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTa > 2:1285022/1‑150 (MQ=255) aTGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTg < 2:94788/69‑1 (MQ=255) aTGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTg > 1:94788/1‑69 (MQ=255) ggtggGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACAtt > 2:150842/1‑150 (MQ=255) gtggGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGTACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTc < 2:619542/150‑1 (MQ=255) gggACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAg < 1:190353/150‑1 (MQ=255) ggACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGc < 1:864679/150‑1 (MQ=255) gACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGCTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCt > 1:913074/1‑150 (MQ=255) gACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGCTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCt > 1:908337/1‑150 (MQ=255) gTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAAt > 1:1317404/1‑150 (MQ=255) gTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAAt < 1:296020/150‑1 (MQ=255) cTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTg < 1:1211958/150‑1 (MQ=255) cTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTg < 1:640020/150‑1 (MQ=255) tttAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGc > 1:1268736/1‑150 (MQ=255) tttAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGc < 2:395721/150‑1 (MQ=255) aGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATAc > 1:607071/1‑150 (MQ=255) aGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATAc > 1:954838/1‑150 (MQ=255) ggggAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTctg > 2:1205241/1‑112 (MQ=255) ggggAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTctg < 1:1205241/112‑1 (MQ=255) ggAAGTTGTTAACACCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCaa > 2:91392/1‑150 (MQ=255) gAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAAt > 2:248235/1‑150 (MQ=255) ttgttAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTg < 1:950558/150‑1 (MQ=255) tgttAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGc > 1:1352359/1‑150 (MQ=255) gttAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCa > 2:1038626/1‑150 (MQ=255) 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tGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCtt < 1:54083/150‑1 (MQ=255) gCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTa < 1:702669/150‑1 (MQ=255) aGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAgg < 1:248235/150‑1 (MQ=255) aGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCACATCGCGGGCACAGGAAGGATCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAgg < 2:823707/150‑1 (MQ=255) ggCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGt > 1:911676/1‑150 (MQ=255) gTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCg > 2:1009151/1‑150 (MQ=255) | AAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCG > NC_000913/4543118‑4543414 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |