Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,636,435 | G→A | 5.7% | A143A (GCG→GCA) | creB → | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,636,435 | 0 | G | A | 5.7% | 274.2 / 3.9 | 87 | A143A (GCG→GCA) | creB | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/40); new base A (2/3); total (44/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
CTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCG > NC_000913/4636286‑4636584 | cTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCcgcg > 1:256114/1‑150 (MQ=255) tGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCTGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCgcgg < 1:1241414/150‑1 (MQ=255) aTTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAg < 1:1075441/150‑1 (MQ=255) tGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAg < 1:649363/150‑1 (MQ=255) gacgacTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTgg > 1:1137685/1‑150 (MQ=255) acgacTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGt < 2:1059630/150‑1 (MQ=255) cgacTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGtt > 1:597286/1‑150 (MQ=255) gacTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGttt < 2:1090713/150‑1 (MQ=255) gacTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGttt < 2:985576/150‑1 (MQ=255) acTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTg > 2:1227514/1‑150 (MQ=255) cTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGa > 1:964310/1‑150 (MQ=255) cTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCATATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGa < 2:52251/150‑1 (MQ=255) aCGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGaca > 2:694013/1‑150 (MQ=255) gTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACg < 1:1227514/150‑1 (MQ=255) tGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGc > 2:1069070/1‑150 (MQ=255) cTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCAt > 2:490415/1‑150 (MQ=255) aCCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAgc > 2:1192403/1‑150 (MQ=255) aCCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAgc > 2:1359979/1‑150 (MQ=255) 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cacccgacgcagtaaggtgcgcaccctggcgcacacttcgcggggtgaaGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCAGCGCAGATCAGCTGGTTTGa > 2:926114‑M2/50‑130 (MQ=255) cacccgacgcagtaaggtgcgcaccctggcgcacacttcgcggggtgaaGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCAGCGCAGATCAGCTGGTTTGa > 2:930854‑M2/50‑130 (MQ=255) cacccgacgcagtaaggtgcgcaccctggcgcacacttcgcggggtgaaGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCAGCGCAGATCAGCTGGTTTGa < 1:930854‑M2/81‑1 (MQ=255) cacccgacgcagtaaggtgcgcaccctggcgcacacttcgcggggtgaaGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCAGCGCAGATCAGCTGGTTTGa < 1:926114‑M2/81‑1 (MQ=255) CACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCTGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTc > 2:1147768‑M1/1‑150 (MQ=255) CACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTc < 2:553529‑M1/150‑1 (MQ=255) CACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTc < 2:1208147‑M1/150‑1 (MQ=255) CACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTc < 1:386843‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCg > 1:1213518‑M1/1‑150 (MQ=255) ACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCg < 1:1268682‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCCCGCGAAGGGTGCGCCAGGGGGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCg > 2:705226‑M1/1‑150 (MQ=255) 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ccTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTAc < 2:984803/150‑1 (MQ=255) ttACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTc > 2:34286/1‑150 (MQ=255) tACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCa < 2:322629/150‑1 (MQ=255) cTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAg < 1:1359979/150‑1 (MQ=255) gCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTc > 1:350865/1‑150 (MQ=255) 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gaaGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCcg > 2:1075899‑M2/4‑150 (MQ=255) aGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCcgcg > 1:978285‑M2/2‑150 (MQ=255) gaagTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCa > 2:430299/1‑134 (MQ=255) gaagTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCa < 1:430299/134‑1 (MQ=255) ctcGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTc > 2:497644/1‑150 (MQ=255) 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ggctCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCg < 1:905814/150‑1 (MQ=255) | CTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATTGAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCTGGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCGGTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCG > NC_000913/4636286‑4636584 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |