| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 508,946 | C→G | 6.5% | A812P (GCA→CCA) | copA ← | Cu(+) exporting P‑type ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 508,946 | 0 | C | G | 6.5% | 257.8 / 7.2 | 77 | A812P (GCA→CCA) | copA | Cu(+) exporting P‑type ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/37); new base G (3/2); total (38/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
GGCGTTTACGCCGCATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGAATACCGATACTGTTGTAGATAAACGCACCGAGCAGGTTCTGCTTCATGTTGTGCAGCGTTGCGCGGGAAATAGCGAGCGCA > NC_000913/508797‑509094 | ggCGTTTACGCCGCATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGc < 1:63030/150‑1 (MQ=255) gTTTACGCCGCATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGc > 1:316991/1‑150 (MQ=255) ttACGCCGCATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTc > 2:1161222/1‑150 (MQ=255) tACGCCGCATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGGCAATGGCGCTct < 1:1097037/150‑2 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCg < 1:894376/150‑1 (MQ=255) cgccgcATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCgg < 2:702753/150‑1 (MQ=255) cgccgcATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCgg > 2:1410930/1‑150 (MQ=255) cgccgcATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCgg < 2:316991/150‑1 (MQ=255) gccgcATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGc < 1:887797/150‑1 (MQ=255) ccgcATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGGCAATGGCGCTctcgtc < 1:726802/150‑6 (MQ=255) ccgcATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCa > 2:542527/1‑150 (MQ=255) cgcATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCaa < 1:914358/150‑1 (MQ=255) cATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACt < 2:238028/150‑1 (MQ=255) ccGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTAcc > 2:660671/1‑150 (MQ=255) ggCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCgg < 1:493202/150‑1 (MQ=255) cATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAg > 2:26046/1‑150 (MQ=255) tGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCa > 1:534074/1‑150 (MQ=255) aTGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTcc > 2:1194911/1‑150 (MQ=255) ccAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGt < 1:1194911/150‑1 (MQ=255) tGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCTGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACg < 1:1161222/150‑1 (MQ=255) gcgcCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACgg < 2:835629/150‑1 (MQ=255) cgcCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGc > 1:885614/1‑150 (MQ=255) cccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACaa > 2:345703/1‑150 (MQ=255) ccTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACaaa > 1:637305/1‑150 (MQ=255) tAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCAACAAAAt > 1:1311341/1‑150 (MQ=255) tAAAGCAGCGCATCCGCAAAGAGGTACTTATTACTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAAt > 2:1074219/1‑150 (MQ=255) aaGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATAc < 1:824465/150‑1 (MQ=255) gcagcGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACcg > 1:532777/1‑150 (MQ=255) cgcATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACcggcgg > 1:13352/1‑150 (MQ=255) gcATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACCGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCggcggc < 1:256741/150‑1 (MQ=255) cATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGAAACCGGTTGTAGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGCAAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGAGAACGGCCACAAAATACCGgcggcg > 1:379369/1‑150 (MQ=255) ccGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGAcc > 2:775127/1‑150 (MQ=255) gCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCgg < 2:1361156/150‑1 (MQ=255) cAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGa < 2:1002144/150‑1 (MQ=255) atgatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGAAt < 2:814772/150‑1 (MQ=255) gatgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGAATAc < 2:16428/150‑1 (MQ=255) atgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGAATAcc < 2:616917/150‑1 (MQ=255) tgTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGAATACCg > 1:1076077/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGAATACCGATACTGTTGTAGATAAACGCACCGAGCAGGTTCTGCTTCATGTTGTGc < 2:182545/122‑1 (MQ=255) ccGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGAATACCGATACTGTTGTAGATAAACGCACCGAGCAGGTTCTGCTTCATGTTGTGc > 1:182545/1‑122 (MQ=255) | GGCGTTTACGCCGCATCCGGCAGTCATGCGTCGATGCCAAATGCGCCACCCTAAAGCAGCGCATCCGCAATGATGTACTTATTCCTTCGGTTTAAACCGCAGCAACCGGTTGGCGTTACTCACTACGGTAATCGACGAGAGCGCCATTGCCGCTCCGGCAACTACCGGGTTAAGCAGTGTTCCAGTGAACGGCCACAAAATACCGGCGGCGACCGGAATACCGATACTGTTGTAGATAAACGCACCGAGCAGGTTCTGCTTCATGTTGTGCAGCGTTGCGCGGGAAATAGCGAGCGCA > NC_000913/508797‑509094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |